高等行政法院設書記處，置書記官長一人，承院長之命，處理該院一般行政事務，並指揮監督所屬書記官、法官助理及其他人員。
書記官長之職責如下：
一、承院長之命處理行政事務。
二、院長交辦事項及機要文件之辦理。
三、所屬各科職員之指揮監督及工作調整之擬議。
四、重要會議之籌劃進行。
五、建議院長有關業務改進及注意事項。
六、重要行政文件之審核。
七、尋常行政文件之簽發。
八、書記處重要文件之判行。
九、新聞之發布及其他公共關係之聯繫事項。
十、各科室就其主管事務爭議事項歸屬之指定。
書記官長因故不能執行職務時，應由院長指定適當人員代理之。
科長因事故不能執行職務時，由書記官長指定代理人。其代理期間逾三日者，應報經院長核定。
書記官以下職員因故不能執行職務時，由書記官長指定適當人員代理之，其代理期間逾三日者並報告院長。
書記官長為討論書記處行政事務，得召集所屬職員會議，由書記官長任主席，但不採表決制。
書記處設下列科，承長官之命，辦理各該科主管事務。
一、紀錄科，或視業務需要，各設高等行政訴訟紀錄科、地方行政訴訟紀錄科；其設有專業法庭者，得各設專業法庭紀錄科。各紀錄科視業務需要，並得分設一科至三科。
二、文書科。
三、研究發展考核科。
四、總務科。
五、訴訟輔導科。
六、置法警長一人、法警若干人，必要時得置副法警長一人；法警管理依法警管理辦法之規定，其他作業要點及執行職務注意事項由高等行政法院另定之。
除前項規定外，院長得視業務之需要，以命令設審查科、資料科或指定專人辦理之。
書記處各科置科長一人，書記官若干人，其事務繁者，得分股辦事；設有審查科、資料科者，其科長或股長之指派，程序亦同。
前項科長由院長報請司法院就一等書記官指派兼任之；股長由院長就所屬一等或二等書記官指派兼任之。
書記處置通譯、法警、執達員、錄事、庭務員若干人，辦理有關通譯、警衛、送達及值庭等事務。
書記官於收受案卷或文件後，應即依照規定登記有關簿冊或建檔，其應由庭長、法官處理者，即分別送請核閱。其應由書記官自處理或應簽請院長處理者，即分別處理。
承辦文件，除依法令屬於書記官職權者外，應送請各該單位主管核轉院長核定。但一般例行文稿、例行報表或以各單位名義行之者，得依其性質由庭長、法官或書記官長或各單位主管核定之。
紀錄科或高等行政訴訟紀錄科、地方行政訴訟紀錄科職掌如下：
一、事件之編號及分配事項。
二、訴訟卷證之點收整理及編訂事項。
三、案卷及文件之點收登記事項。
四、裁判參考資料之整理編目事項。
五、筆錄及期日通知之製作事項。
六、事件文稿之撰擬事項。
七、整理編訂保管案卷及訴訟卷證之保管事項。
八、裁判正本之製作、送達與主文之公告事項。
九、已結卷宗之編訂、發還、歸檔事項。
十、裁判後文件之處理事項。
十一、各項報表製作或提供統計資料事項。
十二、其他依法令應由紀錄科辦理事務或長官交辦事項。
紀錄科並應受庭長之指揮監督。
前二項規定於專業法庭紀錄科準用之。
紀錄書記官應隨時將案件進行與終結情形，翔實登載書記官辦案進行簿作業系統，並於月終送請法官、庭長、院長核閱。如有必要，並得隨時調閱。
紀錄科或高等行政訴訟紀錄科、地方行政訴訟紀錄科應用簿冊、表單，其格式得由司法院統一規定之。
設有審查科者，其職掌如下：
一、文書科送交訴訟文卷之點收事項。
二、新案卷宗及卷證標目之編訂事項。
三、訴訟事件之總登記事項。
四、訴訟事件程序上初步審查事項。
五、訴訟事件分案前之文稿撰擬事項。
六、訴訟事件分案前卷證之保管事項。
七、訴訟事件之分配事項。
八、不經裁判而終結事件之處理。
九、原處分、訴願案卷之調取及送達起訴狀繕本並通知答辯等事項。
十、其他事務或長官交辦事項。
訴訟事件程序初步審查應辦事項另訂之。
審查科就訴訟事件程序上應辦事項，並受辦理分案及審查之庭長指揮監督。
未設審查科者，第一項之職掌由紀錄科或高等行政訴訟紀錄科、地方行政訴訟紀錄科掌理之。
文書科之職掌如下：
一、印信之典守事項。
二、文件之收發、分配、譯電、繕印及校對事項。
三、行政文件之撰擬、呈轉及傳覽事項。
四、工作計畫及各項報告之彙編事項。
五、法令之編輯、摘錄、分送、傳觀、通告、分類登記及保管事項。
六、各項會議及集會之籌劃及紀錄事項。
七、有關行政法令之研擬、保管、彙編事項。
八、報刊、雜誌有關新聞之剪輯、保存事項。
九、人民陳訴、申請、檢舉事件之文書處理事項。
十、律師之登錄事項。
十一、其他事務或長官交辦事項。
設有資料科者，其職掌如下：
一、文件之編檔保存、圖書報刊及裁判書之徵集閱覽及管理事項。
二、法令、規章、大法官解釋、判例、判解、最高行政法院、高等行政法院院長、庭長、法官聯席會議決議等之蒐集與管理事項。
三、定期出刊公報、裁判書全文及其他書籍等之編輯發行事項。
四、卷宗之編號歸檔及保管事項。
未設資料科者，前項之職掌由文書科掌理之。
研究發展考核科之職掌如下：
一、研究發展工作之推行事項。
二、年度工作計畫之編擬事項。
三、文書稽催管制事項。
四、訴訟事件進行檢查事項。
五、列管事項之追蹤、管制、考核事項。
六、自行檢查事項。
七、其他有關研究發展考核及長官交辦事項。
研究發展考核進行情形及結果，承辦人員應按月列表送請書記官長轉陳院長核閱，並依其職權作適當之處理。
總務科之職掌如下：
一、經費暨其他款項之出納及保管事項。
二、司法狀紙樣張請領、審核及印售事項。
三、司法與其他收入及繳庫事項。
四、保管案內特別文件及重要物品事項。
五、財產物品之購置、保管、發給事項。
六、公有廳舍營建、修繕及分配使用事項。
七、出版及發行事項。
八、安全維護、消防及衛生事項。
九、同仁福利事項。
十、司機、技工、工友之訓練、管理、考核及獎懲等事項。
十一、會議及集會場地之佈置事項。
十二、公務車輛調派事項。
十三、其他關於庶務或長官交辦事項。
主辦總務人員應隨時注意支出之款項是否已超出預算，必要時應向上級官陳明。
訴訟輔導科之職掌如下：
一、輔導訴訟當事人或關係人對於訴訟進行之手續。
二、洽領裁判書類正本及其他應送達或發還之文書。
三、答覆關於訴訟程序之詢問。
四、查詢裁判主文及有關訴訟事件進行情形。
五、洽辦法律扶助事項。
六、洽請閱覽卷宗。
七、其他有關便民服務或長官交辦事項。
訴訟輔導科辦理為民服務與訴訟輔導事項，準用法院訴訟輔導科為民服務實施要點規定。
訴訟卷宗之調取應經法官簽章，行政卷宗之調取應經單位主管以上人員簽章。
科長之職責如下：
一、本科職員事務之分配。但別有院令者不在此限。
二、長官交辦事項之擬議。
三、主管事項之調查與執行。
四、本科文稿之審核。
五、主管重要文稿之撰擬。
六、本科職員之監督、考核與獎懲之擬議。
七、本科例行文件之簽發。
八、其他法定事項之處理。
前項規定於股長準用之。
書記官之職責如下：
一、辦理分配事務事項。
二、科長或股長指定各該科股職掌內之有關事項。
三、長官交辦事項。
四、其他有關事項。
書記官應服從其配屬庭長、法官之指揮命令執行職務，並應服從依行政法院組織法第十條第二項規定，調至高等行政法院高等行政訴訟庭協助法官辦事之地方法院及其分院法官、試署法官或候補法官，於職務權限內之指揮命令執行職務。但該辦事法官、試署法官或候補法官之指揮命令與受其協助之庭長、法官之指揮命令有牴觸者，應服從其配屬庭長、法官之指揮命令。
高等行政法院得視業務需要，置法官助理若干人；其遴聘及管理等事項由司法院定之。
法官助理之職掌如下：
一、承法官之命，辦理訴訟案件程序之審查、法律問題之分析、資料之蒐集。
二、其他交辦事項。
第四十八條第二項之規定於法官助理準用之。
法官助理應將辦理之事項確實登載工作日誌，並於月終送請法官、庭長、院長核閱。如有必要，並得隨時調閱。