院長綜理全院行政事務，其處理院內事務以命令行之。但尋常事務得命書記處以傳覽簿行之。

院長因督促行政事務進行，得酌定辦結期限。

院長之職責如下：
一、工作計畫之決定。
二、法律建議案之核定及高等行政法院單行法規之核定發布。
三、庭數之擬議。
四、職員員額之擬議。
五、編製概算及預算案之提示。
六、各單位工作之監督指導及考核。
七、職員之任免、獎懲、監督及考核。
八、重要行政文件之判行。
九、法官會議及其他重要會議之主持。
十、上級機關重要行政命令執行之監督考核。
十一、向上級或有關機關建議或報告事項之核定。
十二、人民陳訴事件之處理。
十三、其他有關院務之處理。

院長對於行政事務之處理，認有諮詢之必要時，得召集庭長會議、庭長、法官會議或行政會議。

高等行政法院院長得視該院事務之增減及業務之需要，擬具年度概算，報請司法院核辦。

院長有事故不能執行職務時，由資深庭長或院長指定之庭長代理，並陳報司法院。

院長為謀審判業務及行政事務之改進，得指定人員擔任研究、設計、審核等事宜。

前項人員得指定停止辦理事件之庭長、法官擔任。