各機關依組織調整，變更機關名稱、隸屬或業務職掌者，其相關預算之執行，依下列規定辦理：
一、機關名稱更改者，由更改後之機關繼續執行原預算。
二、機關改隸者，由改隸後之機關繼續執行原預算。
三、機關部分或全部業務職掌經調整移撥者，由新機關繼續執行該業務之原預算。
四、前三款情形，有同時兼具者，得併同處理。

各機關依前項規定執行預算，仍無法因應時，報經行政院核准，得在各該年度中央政府總預算相關預算項下調整支應，不受預算法第六十二條及第六十三條規定之限制，必要時，由行政院或地方政府依預算法相關規定辦理追加、追減預算。

各機關依組織調整，變更其原主管之特種基金名稱、隸屬或業務職掌者，其預算之執行，適用前二項規定。

各機關或基金預算依前三項規定調整執行後，其決算應依決算法第九條、第十一條規定辦理。

行政院組織法修正後，中央政府總預算案未及以調整後機關彙整時，仍以調整前機關編列，惟應於行政院組織調整生效時，由新機關依規定承接執行。