本規程依國家安全會議（以下簡稱本會議）組織法第十五條規定訂定之。

本會議會務之處理，除法令另有規定外，依本規程辦理之。

秘書長為本會議首長，綜理本會議全般會務，並指揮、監督所屬職員。

副秘書長襄助秘書長處理會務。

諮詢委員承秘書長之命，辦理有關國家安全之諮詢研究工作。

本會議為從事諮詢研究業務，得視實際需要組成研究小組，所需工作人員，除調派秘書處人員支援外，得借調其他機關人員或聘用諮詢助理。

秘書處處長承秘書長之命，及副秘書長之督導，綜理秘書處業務；副處長襄助處長處理相關事務；各組室主管各就主管事務或奉交辦事項，指揮、監督所屬職員辦理之。

本會議秘書處設第一組、第二組、第三組、人事室、會計室及政風室；各組得視業務需要分科辦事。