學術及儀器事務處掌理下列事項：
一、辦理學術諮詢總會掌理之行政事項。
二、學術發展之行政事項。
三、學術審議、申訴、研究成果評估及出版等行政事項。
四、研究人員聘任審查等行政事項。
五、學術交流及合作之行政事項。
六、培育高級學術研究人才之行政事項。
七、參與國家科技政策及學術發展之行政事項。
八、學術倫理案件審查之行政事項。
九、院內外各項研究計畫及學術獎助之申請辦理事項。
十、本院貴重儀器設施之設置、管理及維運。
十一、本院貴重儀器之使用效益評鑑。
十二、院長交辦事項。