院長綜理院務，並指揮、監督所屬人員；副院長襄助院長處理院務。

秘書長承院長之命，指揮、監督院本部人員處理本院行政工作；副秘書長襄助秘書長處理本院行政工作。

本院對外公文書：有關全院事項者，須經院長簽署，由院本部發出；關於一般行政事務者，得由分層負責主管單位發出；關於研究所、研究所籌備處、研究中心者，得由該單位主管簽署發出，但以次要之事務為限。

院內文書往來均由主管人簽署。

院本部設秘書處、總務處、學術及儀器事務處、資訊服務處、國際事務處、智財技轉處、法制處、南院服務處、人事室、政風室、主計室，分別掌理本院組織法、本規程規定及奉長官交辦之有關事務，各處、室得視業務需要分科辦事。

秘書處掌理下列事項：
一、文書處理、印信典守及檔案管理事項。
二、院士會議、評議會、院務會議與各種重要會議議事及選舉事項。
三、年度施政計畫及業務概況彙編事項。
四、文稿撰擬及彙報事項。
五、立法院與媒體聯絡及協調事項。
六、科普教育推廣、週報發行及服務信箱處理事項。
七、院長交辦事項。

總務處掌理下列事項：
一、除另有規定外，院本部經管之土地、財產、物品、車輛、宿舍、辦公處所、集會及環境景觀等管理事項。
二、院本部經管之營建、機電工程、財物及勞務採購事項。
三、本院工友管理事項。
四、環境保護暨安全衛生設施、設備之操作、維護及管理事項。
五、安全衛生管理及醫療保健等相關事項。
六、院本部主辦之營建、機電等相關工程事項。
七、院本部經管之設備、設施等修繕及維護事項。
八、經費出納管理事項。
九、院本部所屬館舍之營運管理事項。
十、協助各研究所、研究所籌備處及研究中心辦理營繕、機電工程及房舍修建事項。
十一、國家生技研究園區相關設施之管理、營運及維護事項。
十二、院長交辦事項。

學術及儀器事務處掌理下列事項：
一、辦理學術諮詢總會掌理之行政事項。
二、學術發展之行政事項。
三、學術審議、申訴、研究成果評估及出版等行政事項。
四、研究人員聘任審查等行政事項。
五、學術交流及合作之行政事項。
六、培育高級學術研究人才之行政事項。
七、參與國家科技政策及學術發展之行政事項。
八、學術倫理案件審查之行政事項。
九、院內外各項研究計畫及學術獎助之申請辦理事項。
十、本院貴重儀器設施之設置、管理及維運。
十一、本院貴重儀器之使用效益評鑑。
十二、院長交辦事項。

資訊服務處掌理下列事項：
一、本院資訊應用環境之規劃及管理等事項。
二、本院一般資訊業務之規劃、推動及訓練等事項。
三、本院網路、計算與儲存等公共資訊設施之規劃、建置及維運等事項。
四、本院資通訊安全及個人資料保護之資訊技術服務事項。
五、本院學術研究之資訊技術服務事項。
六、協助本院行政作業自動化事項。
七、協助本院圖書資訊業務自動化事項。
八、院長交辦事項。

國際事務處掌理下列事項：
一、國際研究生學程及學位學程。
二、國際學術交流及合作事項。
三、國際科學組織事務。
四、舉辦本院系列講座。
五、外籍人士服務。
六、安排國際重要訪賓活動。
七、兩岸學術交流事項。
八、院長交辦事項。

智財技轉處掌理下列事項：
一、本院智慧財產權管理、推廣、運用、維護及收入分配事項。
二、本院產學合作相關事項。
三、本院研究成果商業開發、技轉、合作新創公司之輔導育成、育成中心業務管理及相關人才培育事項。
四、院長交辦事項。

法制處掌理下列事項：
一、本院法律事務及法規研擬諮詢、整編及救濟事項。
二、本院智財法務事項。
三、本院利益衝突管理事項。
四、本院契約審閱及爭議事項。
五、院長交辦事項。

南院服務處掌理下列事項：
一、南部院區內公共事務營運、行政管理之規劃及執行。
二、南部院區生活服務設施之規劃及服務管理等事項。
三、院本部經管南部院區之研究（包括人文及社會研究基地暨圖書檔案室）、辦公、會議等空間管理。
四、南部院區公共設施之財產、物品、車輛、停車場及環境景觀等設施管理維護事項。
五、協助資訊服務處執行南部院區資訊網路系統之管理及維運等事項。
六、南部院區職業安全衛生、實驗室、廢棄物處理等公共安全管理事項。
七、院長交辦事項。

人事室掌理本院人事事項。

政風室掌理本院政風事項。

主計室掌理本院歲計、會計及統計事項。

院本部處理業務，實施分層負責制度，依分層負責明細表逐級授權決定。