院本部設秘書處、總務處、學術及儀器事務處、資訊服務處、國際事務處、智財技轉處、法制處、南院服務處、人事室、政風室、主計室，分別掌理本院組織法、本規程規定及奉長官交辦之有關事務，各處、室得視業務需要分科辦事。