自由港區事業違反第十五條第一項規定者，由海關處新臺幣三萬元以上三十萬元以下罰鍰，並得定三十日以內之期限退運出區或沒入之。

未依前項所定期限退運出區者，海關得按次處罰；經處罰三次仍未退運出區者，得由海關停止其六個月以下進儲貨物或由自由港區管理機關廢止其營運許可。

自由港區事業違反第十六條第一項規定者，由海關處新臺幣三萬元以上三十萬元以下罰鍰。情節重大者，並得由海關停止其六個月以下進儲貨物或由自由港區管理機關廢止其營運許可。