自由港區事業違反第十五條第一項規定者，由海關處新臺幣三萬元以上三十萬元以下罰鍰，並得定三十日以內之期限退運出區或沒入之。

未依前項所定期限退運出區者，海關得按次處罰；經處罰三次仍未退運出區者，得由海關停止其六個月以下進儲貨物或由自由港區管理機關廢止其營運許可。

自由港區事業違反第十六條第一項規定者，由海關處新臺幣三萬元以上三十萬元以下罰鍰。情節重大者，並得由海關停止其六個月以下進儲貨物或由自由港區管理機關廢止其營運許可。

自由港區事業依第十七條第一項或第三項規定向海關通報，有虛報或不實情事者，由海關按次處新臺幣三萬元以上三十萬元以下罰鍰。情節重大者，並得由海關停止其六個月以下進儲貨物或由自由港區管理機關廢止其營運許可。

自由港區事業依第十七條第二項規定向海關辦理通關，有虛報或不實情事者，由海關依海關緝私條例規定處罰。

自由港區事業違反第十七條第一項或第二項規定，擅將貨物運往其他自由港區、課稅區或保稅區而有私運行為者，由海關依海關緝私條例規定處罰。

自由港區事業違反第十八條第二項或第三項規定者，得由海關予以警告或處新臺幣三萬元以上三十萬元以下罰鍰，並命其限期改正；屆期未改正者，得按次處罰；經處罰三次仍未改正者，得由海關停止六個月以下進儲貨物或辦理按月彙報作業，或由自由港區管理機關廢止其營運許可。

自由港區事業違反第十九條規定者，由海關處新臺幣三萬元以上三十萬元以下罰鍰，並得按次處罰；經處罰三次仍未改正者，由自由港區管理機關廢止其營運許可。

自由港區事業違反第二十條第一項規定，未定期盤點或送海關備查，或違反第二項規定，未補登帳冊或補繳稅費者，由海關處新臺幣三萬元以上三十萬元以下罰鍰，並命其限期改正；屆期未改正者，得由海關停止其六個月以內之進儲貨物或由自由港區管理機關廢止其營運許可。

自由港區事業存儲之貨物，未依第三十條規定辦理或經查核無故短少者，除應負責補繳短少貨物之有關稅捐外，得由海關予以警告或處新臺幣三萬元以上三十萬元以下罰鍰，並命其限期改正；屆期未改正者，得按次處罰；經處罰三次仍未完成改正者，得由海關停止其六個月以下之進儲貨物或由自由港區管理機關廢止其營運許可。

自由港區事業如有其他違法漏稅情事者，依有關法律之規定處理。

自由港區事業對依第三十五條第一項規定代為申請入境之商務人士，應保證其入區期間，從事與許可目的相符之行為。經其保證之商務人士於入區期間從事與許可目的不符之行為者，入出國及移民署得處自由港區事業新臺幣六千元以上三萬元以下罰鍰，且一年內不受理該商務人士經由自由港區事業代向自由港區管理機關申請核轉許可，於抵達中華民國時申請簽證。

進出自由港區之人員違反第三十六條第一項至第三項規定之一者，由自由港區管理機關處新臺幣六千元以上三萬元以下罰鍰。