自由港區事業依第十七條第一項或第三項規定向海關通報，有虛報或不實情事者，由海關按次處新臺幣三萬元以上三十萬元以下罰鍰。情節重大者，並得由海關停止其六個月以下進儲貨物或由自由港區管理機關廢止其營運許可。

自由港區事業依第十七條第二項規定向海關辦理通關，有虛報或不實情事者，由海關依海關緝私條例規定處罰。

自由港區事業違反第十七條第一項或第二項規定，擅將貨物運往其他自由港區、課稅區或保稅區而有私運行為者，由海關依海關緝私條例規定處罰。