行政訴訟法第二編第二章簡易訴訟程序規定，於智慧財產行政事件程序不適用之。

智慧財產及商業法院組織法第三條第三款、第四款所定之行政事件，由智慧財產法院管轄。

其他行政事件與前項各款事件合併起訴或為訴之追加時，應向智慧財產法院為之。

智慧財產法院為辦理第一項之強制執行事務，得設執行處或囑託地方法院民事執行處或行政機關代為執行。

債務人對於前項囑託代為執行之執行名義有異議者，由智慧財產法庭裁定之。

對於智慧財產法院之裁判，除法律別有規定外，得上訴或抗告於最高行政法院。

關於撤銷、廢止商標註冊或撤銷專利權之行政訴訟中，當事人於言詞辯論終結前，就同一撤銷或廢止理由提出之新證據，智慧財產法院仍應審酌之。

智慧財產專責機關就前項新證據應提出答辯書狀，表明他造關於該證據之主張有無理由。

第二十九條至第四十條、第四十六條、第五十一條及第五十二條規定，於有關智慧財產行政事件，準用之。

辦理智慧財產民事事件或刑事案件之法官，得參與就該事件或案件相牽涉之智慧財產行政事件之審判，不適用行政訴訟法第十九條第三款規定。