書記處得分設智慧財產紀錄科、商業紀錄科、智慧財產執行紀錄科、文書科、研究考核科、總務科、資料科及訴訟輔導科。其設有專業法庭者，得設專業法庭紀錄科。各紀錄科視業務需要，並得分設一科至三科。

前項各科置科長一人，其業務較繁者，得分股辦事，分股辦事者，各置股長一人。事務較簡者，得不分科或併科辦事。

科長、股長，由法院陳報司法院就一等書記官、一等書記官或二等書記官指派兼任之。

書記處得視業務需要，置法官助理若干人，其遴聘、訓練、業務、管理及考核等相關事項，由司法院定之。