書記處置書記官長一人，承院長之命，處理院內一般行政事務，並指揮監督所屬書記官、法官助理及其他人員。
書記官長因故不能執行職務時，應由院長指定適當人員代理之。
科長因事故不能執行職務時，由書記官長指定代理人。其代理期間逾三日者，應報經院長核定。
書記官以下職員因故不能執行職務時，由書記官長指定適當人員代理之，其代理期間逾三日者並報告院長。
書記處得分設智慧財產紀錄科、商業紀錄科、智慧財產執行紀錄科、文書科、研究考核科、總務科、資料科及訴訟輔導科。其設有專業法庭者，得設專業法庭紀錄科。各紀錄科視業務需要，並得分設一科至三科。
前項各科置科長一人，其業務較繁者，得分股辦事，分股辦事者，各置股長一人。事務較簡者，得不分科或併科辦事。
科長、股長，由法院陳報司法院就一等書記官、一等書記官或二等書記官指派兼任之。
書記處得視業務需要，置法官助理若干人，其遴聘、訓練、業務、管理及考核等相關事項，由司法院定之。
配置於提存所之書記官，除不另設科外，其辦理事務，準用智慧財產紀錄科、商業紀錄科有關規定。
書記官於收受案卷或文件後，應即依照規定登記簿冊或建檔，其應由庭長、法官或司法事務官處理者，即分別送請核閱；其應由書記官自行處理或應簽請院長處理者，即分別處理。
承辦文件，除依法令屬於書記官職權者外，應送請各該單位主管核轉院長核定。但一般例行文稿、例行報表或以各單位名義行之者，得依其性質由庭長、法官、司法事務官、書記官長或各該單位主管核定之。
智慧財產紀錄科、商業紀錄科及智慧財產執行紀錄科之職掌如下：
一、案件之編號、資料輸入、審核及抽籤分案事項。
二、案卷及文件之點收、資料輸入與人犯羈押資料輸入事項。
三、輸入全國前案及被告在監所、戶役政、全國前案等資料之查復事項。
四、筆錄及期日傳喚通知與提押票等製作事項。
五、案件文稿之撰擬事項。
六、整理編訂保管案卷及附隨案卷之證物保管事項。
七、裁判或其他書類正本之製作與其結果公告事項。
八、案件文書之交付送達事項。
九、已結案卷之發送或歸檔事項。
十、各項報表製作或提供統計資料事項。
十一、遠距訊問專人管理及秘密保持命令保險箱管理事項。
十二、其他依法令應由書記官辦理及長官交辦事項。
前項規定於專業法庭紀錄科準用之。
紀錄書記官應服從其配屬庭長、法官或司法事務官之指揮命令執行職務。
紀錄書記官應備置辦案進行簿，隨時將案件進行與終結情形，翔實登載書記官辦案進行簿作業系統，並於月終送請司法事務官、法官、庭長、院長核閱；如有必要，司法事務官、法官、庭長、院長並得隨時調閱。
智慧財產紀錄科、商業紀錄科應用簿冊、表單，其格式得由司法院統一規定之。
文書科之職掌如下：
一、典守印信事項。
二、文件之收發、分配、繕校及裁判書類之繕打管理、印製事項。
三、行政文稿之撰擬事項。
四、各項報告之彙編事項。
五、特約通譯備選人名冊之建置事項。
六、不屬於其他各科室業務會議之籌劃、記錄及行政事項。
七、行政令函之徵集與管理事項。
八、律師及訴訟當事人聲請閱卷之處理事項。
九、人民陳訴、訴願、國家賠償事件之分辦與文書處理事項。
十、院長移交案及法官、司法事務官、技術審查官、商業調查官調職移交報告書之彙辦事項。
十一、法官自律委員會、司法事務分配小組行政事務之處理事項。
十二、外賓接待與簡報業務事項。
十三、所屬法院文書科職掌事項之彙辦及核轉事項。
十四、不屬於其他各科室及長官交辦事項。
研究考核科之職掌如下：
一、研究發展工作之推行事項。
二、年度工作計畫編擬事項。
三、公文稽催管制事項。
四、案件進行檢查事項。
五、列管項目之追蹤管制、考核事項。
六、自行檢查事項。
七、業務檢查策劃事項。
八、所屬法院研考科職掌事項之彙辦及核轉事項。
九、其他有關研考及長官交辦事項。
研究發展考核進行情形及結果，應按月列表送請書記官長轉送院長核閱。
總務科之職掌如下：
一、經費暨其他款項之出納及保管事項。
二、司法狀紙樣張請領、審核及印售事項。
三、司法與其他收入及繳庫事項。
四、保管案內特別文件及重要物品事項。
五、財產物品之購置、保管、發給事項。
六、公有廳舍營建、修繕及分配使用事項。
七、出版及發行事項。
八、安全維護、消防及衛生事項。
九、同仁福利事項。
十、司機、技工、工友之訓練、管理、考核及獎懲等事項。
十一、會議及集會場地之布置事項。
十二、公務車輛調派事項。
十三、其他有關庶務或長官交辦事項。
主辦總務人員應隨時注意支出之款項是否已超出預算，必要時應向上級官陳明。
資料科之職掌如下：
一、文件之編檔保存、圖書報刊及裁判書之徵集閱覽及管理事項。
二、法令、規章、大法官解釋、最高法院、最高行政法院大法庭裁定及經由徵詢程序統一法律見解之裁判等之蒐集與管理事項。
三、定期出刊公報、裁判書全文及其他書籍等之編輯發行事項。
四、卷宗之編號歸檔及保管事項。
未設資料科者，前項業務由文書科辦理。
各項卷宗應分別編號保存。
卷宗歸檔編號及其保存期限，適用機關共通性檔案保存年限基準之法院類檔案保存年限基準表。
訴訟卷宗之調取應經法官以上人員簽章，行政卷宗之調取應經單位主管以上人員簽章。
訴訟輔導科之職掌如下：
一、辦理為民服務與訴訟輔導等事項。
二、關於所屬法院訴訟輔導科職掌事項之彙辦及核轉事項。
三、其他有關訴訟輔導及長官交辦事項。
辦理前項第一款事項，準用法院訴訟輔導科為民服務實施要點規定。
法官助理之職掌如下：
一、承法官之命，辦理案件程序之審查、爭點之整理、資料之蒐集、分析。
二、其他交辦事項。
法官助理應服從其配屬庭長、法官之指揮命令執行職務。
法官助理應將辦理之事項確實登載工作日誌，並於月終送請法官、庭長、院長核閱。如有必要，法官、庭長、院長並得隨時調閱。