保育研究科掌理事項如下：
一、本區域內自然生態之保育、研究、經營、執行、監督及其成果之應用、推廣。
二、本區域內自然資源、地形、地質、人文史蹟之調查、登錄、研究及管理。
三、本區域內各種標本之採集、製作、研究及保管。
四、本區域內學術研究採集申請之核發及管理。
五、本區域內危害自然與人文資源案件之處理復舊及監督。
六、本區域內環境監測及保育巡查。
七、本區域內生態評估及使用之審議。
八、本區域內進入生態保護區之許可。
九、其他有關保育研究事項。