全國性公民投票之主管機關為中央選舉委員會，並指揮監督直轄市、縣（市）選舉委員會辦理之。

地方性公民投票之主管機關為直轄市政府、縣（市）政府。

各級選舉委員會於辦理公民投票期間，得調用各級政府機關職員及公立學校教職員辦理事務。受調用之政府機關、公立學校及受遴派之政府機關職員、學校教職員，無正當理由均不得拒絕。