消毒得採用加氯消毒、紫外線消毒或臭氧消毒等方法，其消毒效果均應符合放流水標準規定。

消毒設備設置規定如下：
一、採加氯消毒者：
（一）氯之注入率以維持每公升放流水中餘氯零點二毫克至一點零毫克。氯加藥率如下表：
（二）加氯消毒使用之消毒劑，其貯藏數量及方法：
（三）氯消毒接觸槽之容量依計畫最大時污水量決定。槽之構造應能使污水與藥劑充分混合。
（四）氯加藥機容量宜為平常操作量之一點二倍至一點六倍，並應有備用設備，混合裝置之接觸時間，設計從消毒劑注入後經接觸到放流口為止，至少需十五分鐘。
（五）加藥機房：
（六）消毒劑貯存室：
（七）氯氣洩漏之中和設備：
（八）操作室及加藥量控制設備：
（九）次氯酸鈉溶液加藥裝置：
二、採紫外線消毒者：
（一）紫外線燈管在波長二三三點七至二七三點七納米的條件下，至少要有百分之九十之紫外光發散率，且壽命至少要有一萬小時。
（二）照射於紫外線下之元件，應為不銹鋼、石英或鐵弗龍之材質。
三、採臭氧消毒者：
（一）臭氧產生機產生之最高臭氧濃度於一立方公尺空氣量下不得低於一五○公克。
（二）臭氧產生機至少需有一臺備用，且每一臺有一組高濃度臭氧監測器。