共同清理機構應於領得公司或商業登記證明文件後三個月內，檢具下列文件，向直轄市、縣（市）政府申請核發營運登記證：
一、申請書。
二、設立許可函。
三、公司或商業登記證明文件。
四、清除、處理設施完工驗收證明文件。但使用既有合法場（廠）設施者，免附。
五、廢棄物最終處置去處同意文件。
六、其他經直轄市、縣（市）政府指定應備之文件。

未於前項規定期限內申請者，直轄市、縣（市）政府應廢止其設立許可。但有正當理由者，得申請延期三個月，並以一次為限。