中央主管機關應設置國土永續發展基金；其基金來源如下：
一、使用許可案件所收取之國土保育費。
二、政府循預算程序之撥款。
三、自來水事業機構附徵之一定比率費用。
四、電力事業機構附徵之一定比率費用。
五、違反本法罰鍰之一定比率提撥。
六、民間捐贈。
七、本基金孳息收入。
八、其他收入。

前項第二款政府之撥款，自本法施行之日起，中央主管機關應視國土計畫檢討變更情形逐年編列預算移撥，於本法施行後十年，移撥總額不得低於新臺幣五百億元。第三款及第四款來源，自本法施行後第十一年起適用。

第一項第三款至第五款，其附徵項目、一定比率之計算方式、繳交時間、期限與程序及其他相關事項之辦法，由中央主管機關定之。

國土永續發展基金之用途如下：
一、依本法規定辦理之補償所需支出。
二、國土之規劃研究、調查及土地利用之監測。
三、依第一項第五款來源補助直轄市、縣（市）主管機關辦理違規查處及支應民眾檢舉獎勵。
四、其他國土保育事項。