特勤隊掌理事項如下：
一、海域與海岸反恐怖活動、反劫持及重大案件應（制）變行動之執行。
二、海域與海岸救難、海洋災害救護及空中偵巡任務之支援。
三、海巡人員特殊專業訓練之支援。
四、其他有關特勤事項。