本委員會置委員二十五人至三十一人，由海洋委員會（以下稱本會）就有關機關代表、專家學者、民間保育團體及原住民遴聘之；其中專家學者、民間保育團體及原住民等不具官方身分之代表，不得少於委員總人數三分之二。委員聘期二年，期滿得續聘。但政府機關代表，應隨其本職進退。

委員因故出缺時，得補聘（派）之。補聘（派）委員之任期至原委員任期屆滿之日止。

本委員會任一性別委員，不得少於委員總數三分之一。