本辦法依野生動物保育法第五條第二項規定訂定之。

海洋野生動物保育諮詢委員會（以下稱本委員會）任務如下：
一、保育類海洋野生動物名錄之評估分類事項。
二、海洋野生動物保護區劃定、變更或廢止之認可事項。
三、海洋野生動物保護區內，遇有國家重大建設，在不影響野生動物生存原則下，其海域區內土地使用、收益方法之認可事項。
四、其他有關海洋野生動物棲息環境保護、資源復育與保育之諮詢事項。

本委員會置委員二十五人至三十一人，由海洋委員會（以下稱本會）就有關機關代表、專家學者、民間保育團體及原住民遴聘之；其中專家學者、民間保育團體及原住民等不具官方身分之代表，不得少於委員總人數三分之二。委員聘期二年，期滿得續聘。但政府機關代表，應隨其本職進退。

委員因故出缺時，得補聘（派）之。補聘（派）委員之任期至原委員任期屆滿之日止。

本委員會任一性別委員，不得少於委員總數三分之一。

本委員會置召集委員一人，綜理會務，由本會主任委員就委員中指定聘兼之；執行秘書一人及工作人員二人至三人，就本會編制內人員派兼之，均承召集委員之命，處理本委員會日常業務。

本委員會每年開會一次，視需要得召開臨時會議。

前項會議得邀請有關機關、團體或專家學者列席並提供意見。

第一項會議以召集委員為主席；召集委員因故不能出席時，由委員互推一人為主席。

會議之決議，應有全體委員過半數之出席，及出席委員過半數之同意行之；可否同數時，取決於主席。

本委員會委員、執行秘書及工作人員均為無給職。但非本會人員兼任者，得依規定支給出席費及交通費。

本委員會之經費，由本會編列預算支應。

本委員會不對外行文；其決議事項，以本會名義行之。

本辦法自發布日施行。