本院置院長一人，應具國防科技或企業管理相關經驗，專任，任期三年，期滿得續聘一次，由董事長提請董事會通過後聘任之；解聘時，亦同。

院長初任年齡不得逾六十五歲，任期屆滿前年滿七十歲者，應即更換。但有特殊考量，經行政院核准者，不在此限。

院長依本院規章、董事會之決議及董事長之授權，負責本院營運與管理業務之執行及參與本條例第二十條第二項之會議。