本院設董事會，置董事十一人至十五人，由國防部就下列人員遴選提請行政院院長聘任之；解聘時，亦同：
一、政府相關機關代表。其中國防部部長、經濟部次長與行政院國家科學委員會副主任委員為當然董事。
二、國防科技相關之學者、專家。
三、民間企業經營、管理專家或對本院有重大貢獻之社會人士。

前項第三款之董事不得逾董事總人數三分之一。

專任之董事不得逾董事總人數三分之一。

第一項之董事性別比例，不受行政法人法第五條第五項前段規定之限制。

本院置監事三人至五人，由國防部就下列人員遴選提請行政院院長聘任之；解聘時，亦同：
一、政府相關機關代表。
二、國防科技相關之學者、專家。
三、法律、會計或財務相關之學者、專家。

監事應互選一人為常務監事。

第一項之監事性別比例，不受行政法人法第五條第五項前段規定之限制。

董事、監事任期為三年，期滿得續聘一次。續聘人數應達其總人數三分之一以上，並不得逾其總人數三分之二。

代表政府機關出任之董事、監事，應依其職務異動改聘，不受前項續聘次數之限制；依第七條第一項及前條規定聘任之董事、監事，任期屆滿前出缺者，由國防部提請行政院院長補聘，任期至原任期屆滿時為止。

董事、監事之資格、遴聘、解聘、補聘及其他相關事項之辦法，由國防部定之。

本院置董事長一人，由國防部部長兼任。

董事長對內綜理本院一切事務，對外代表本院；其因故不能執行職務時，由其指定之董事代行職權，不能指定時，由董事互推一人代行職權。

董事會之職權如下：
一、十年期國防科技發展構想與五年期國防科技研究、應用及產製計畫之審議。
二、年度營運（業務）目標及營運計畫之審議。
三、年度預算及決算報告之審議。
四、規章之審議。
五、自有不動產處分或設定負擔之審議。
六、院長之任免。
七、經費之籌募。
八、本條例所定應經董事會決議事項之審議。
九、其他重大事項之審議。

董事會會議每三個月開會一次；必要時，得召開臨時會議，由董事長召集，並擔任主席。

董事會會議應有過半數董事之出席，其決議應有出席董事過半數之同意。但前條第一款至第七款事項之決議，應有董事總額過半數之同意。

監事之職權如下：
一、業務、財務狀況之監督。
二、財務帳冊、文件及財產資料之稽核。
三、決算報告之審核。
四、其他重大事項之審核及稽核。

監事單獨行使職權，常務監事應代表全體監事列席董事會會議。

本院置院長一人，應具國防科技或企業管理相關經驗，專任，任期三年，期滿得續聘一次，由董事長提請董事會通過後聘任之；解聘時，亦同。

院長初任年齡不得逾六十五歲，任期屆滿前年滿七十歲者，應即更換。但有特殊考量，經行政院核准者，不在此限。

院長依本院規章、董事會之決議及董事長之授權，負責本院營運與管理業務之執行及參與本條例第二十條第二項之會議。

董事、監事及院長應遵守利益迴避原則，不得假藉職務上之權力、機會或方法，圖謀本人或關係人之利益，其利益迴避範圍及違反時之處置，由國防部定之。

董事、監事及院長相互間，不得有配偶或三親等以內血親、姻親之關係。

董事、監事及院長之配偶或其三親等以內之血親、姻親，不得擔任本院總務、會計及人事職務。

董事長、院長不得進用其配偶或三親等以內血親、姻親，擔任本院職務。

本條例所稱關係人，指配偶或二親等內之親屬。

董事、監事、院長或其關係人，不得與本院為買賣、租賃、承攬等交易行為。但有正當理由，經董事會特別決議者，不在此限。

違反前項規定致本院受有損害者，行為人應對其負損害賠償責任。

第一項但書情形，本院應將董事會特別決議內容，於會後二十日內主動公開之，並報國防部備查。

董事、常務監事應親自出席、列席董事會會議，不得委託他人代理出席。

有下列情事之一者，不得聘任為董事、監事及院長：
一、受監護宣告或輔助宣告尚未撤銷。
二、受有期徒刑以上刑之判決確定，而未受緩刑之宣告。
三、受破產宣告尚未復權。
四、褫奪公權尚未復權。
五、經公立醫院證明身心障礙致不能執行職務。

董事、監事及院長有前項情形之一或無故連續不出席、列席董事會會議達三次者，應予解聘。

董事、監事及院長有下列各款情事之一者，得予解聘：
一、行為不檢或品行不端，致影響本院形象，有確實證據。
二、工作執行不力或怠忽職責，有具體事實。
三、違反聘約情節重大。
四、當屆任期內之本院年度績效評鑑連續二年未達國防部所定基準。
五、違反公務人員行政中立法之情事，有確實證據。
六、就主管事件，接受關說或請託，或利用職務關係，接受招待或餽贈，致損害公益或本院利益，有確實證據。
七、非因職務之需要，動用本院財產，有確實證據。
八、違反本條例所定利益迴避原則或第十六條第一項前段特定交易行為禁止之情事，有確實證據。
九、其他有不適任董事、監事及院長職位之行為。

前項各款情形，國防部於解聘前，應給予當事人陳述意見及申辯之機會。

兼任之董事、監事，均為無給職。