軍法機關辦理涉及國家機密之案件，應依下列方式處理：
一、卷證、資料之呈核、會辦、送繕用印、歸檔、送請再議及移付審判等作業，應由承辦軍事檢察官或軍事審判官親自為之。監印人員憑主管簽署用印、不得閱覽其內容。
二、文書之傳遞，應予密封後派專人送達，不得以電子公文交換及傳真方式處理。
三、案件經提起公訴、送請再議、聲請交付審判、提起上訴、抗告、再審或非常上訴者，相關卷證、資料應於登記後，由專責人員遞送該管軍事法院、法院或上級軍事法院檢察署。
四、文書簽擬稿或繕印，因誤繕或誤印之廢紙，應即銷毀。
五、製作之訴訟書類，不宜詳載所涉之國家機密細節。依法公示時，不得揭露國家機密，亦不得使人足以知悉其內容。但公示時已解密者，不在此限。
六、向其他機關調借大型證物者，應親赴證物所在地勘驗之。
七、軍事法院檢察署書記官應於開庭當日將筆錄及卷證製妥整竣，送交承辦之軍事檢察官；軍事法院書記官應於開庭後三日內將筆錄及卷證製妥整竣，送交承辦之軍事審判官。法庭錄音以空白光碟片燒錄，筆錄以空白光碟片儲存，密封後於其上簽名、加註日期，並刪除電腦設備中之檔案，隨卷置放密封保存。
八、訴訟程序不公開，並得令無關人員退庭。
九、認對質或詰問有洩漏國家機密之虞者，得依職權或聲請拒絕或限制之。
十、提起公訴或有全程到庭實行公訴之必要時，相關卷證之複製、移交，依第十條及第十三條規定辦理。
十一、當事人、辯護人或輔佐人提出涉及國家機密之證據聲請調查者，應先審查是否依本法第十四條規定經書面授權或核准，並得酌定相當期間命其補正；如係依法得或應依職權調查之證據，依職權洽辦，以發現真實。
十二、可為證據之文書涉及國家機密者，於調查證據時，應交當事人、辯護人或輔佐人閱覽，不得宣讀。
十三、辯護人或受委任聲請交付審判之律師聲請閱覽卷宗及證據，書記官應於給閱前將涉及國家機密部分抽出，俟閱卷後再附卷保管。但依本法第十四條及本辦法第四條第三項規定經書面授權或核准者，不在此限。聲請複製上開國家機密，應經承辦軍事檢察官或軍事審判官同意後，依第十條第二項之規定辦理。
十四、前款依規定取得複製資料者，應告知案件屬國家機密，應予保密並於結案時交還。聲請人閱卷時，書記官應全程在場。閱卷人須先簽具切結書，保證不得將閱卷或複製所得資料洩漏給他人；違者，依國家機密保護法及相關法律移送偵辦。
十五、軍法機關首長及主任軍事檢察官或庭長，對所屬人員辦理本辦法之事項，應督導其保密作業措施。依本辦法所定由軍事檢察官或軍事審判官專責處理之事項，非經簽請軍法機關首長核准，不得委由他人為之。