軍旗隨同國旗升降旗時間及儀式規定如下：
一、升降旗時間，於每季作息時間表內規定之。但海軍單位在鄰近港灣地區者，應照海上使用規定為之。
二、升降旗儀式，依中華民國國徽國旗法及中華民國軍人禮節之規定。