主管機關之權責如下：
一、訂定科技工業機構與法人團體合作或相互委託從事研發、產製及維修之政策、制度及中長程目標。
二、核定主辦機關陳報之中長程計畫。
三、綜理科技工業機構與法人團體合作或相互委託從事研發、產製及維修之成效管考。
四、管理科技工業機構與法人團體合作或相互委託從事研發、產製及維修之相關資訊。
五、核定合作或相互委託管制之項目。
六、解釋或函請解釋相關法令。