智慧財產權應依下列方式管理運用，不適用第十條至第十五條規定：
一、應定期向原資助機關報告管理運用成果。
二、應於有效期內按時繳交規費，並定時檢討智慧財產權維持之必要性，經中科院認定不具運用價值者，應先經原資助機關同意，報監督機關依相關規定辦理。
三、中科院依法運用智慧財產權前，應完成計價，並依公開程序配合研發成果公告之。
四、智慧財產權之商品化及運用，包括公開展示、技術服務、授權或技術移轉，應依相關規定辦理。
五、中科院應將智慧財產權之收入及支出，配合研發成果相關會計帳務處理，定期編製收支報表，送原資助機關備查。