綜合所得稅納稅義務人應向其申報時戶籍所在地之稽徵機關辦理申報；營利事業應向其申報時登記地之稽徵機關辦理申報。

營利事業之總機構在中華民國境內，並在中華民國境內設有其他固定營業場所者，應由該營利事業之總機構向其申報時登記地之稽徵機關合併辦理申報。總機構在中華民國境外，而有固定營業場所在中華民國境內者，應由其固定營業場所分別向其申報時登記地之稽徵機關辦理申報。

國外營利事業在中華民國境內無固定營業場所而有營業代理人者，營業代理人應向其申報時登記地之稽徵機關辦理申報。