綜合所得稅納稅義務人應向其申報時戶籍所在地之稽徵機關辦理申報；營利事業應向其申報時登記地之稽徵機關辦理申報。
營利事業之總機構在中華民國境內，並在中華民國境內設有其他固定營業場所者，應由該營利事業之總機構向其申報時登記地之稽徵機關合併辦理申報。總機構在中華民國境外，而有固定營業場所在中華民國境內者，應由其固定營業場所分別向其申報時登記地之稽徵機關辦理申報。
國外營利事業在中華民國境內無固定營業場所而有營業代理人者，營業代理人應向其申報時登記地之稽徵機關辦理申報。
申報日期，應以申報書送達稽徵機關之日為準；其郵遞者，應以掛號寄送，並以交郵當日郵戳日期為申報日期；透過網際網路傳輸者，應以申報資料傳輸至稽徵機關之日為申報日期。
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公司組織之營利事業依本法第六十七條第三項規定試算前半年營利事業所得額時，其依本法規定以全年為基礎得減除之費用或損失，應按半數減除。
本法第六十七條第三項暫繳稅額之計算，應依本法第四十條規定辦理。
本法所稱小規模營利事業，指規模狹小，交易零星，每月銷售額未達使用統一發票標準而按查定課徵營業稅之營利事業。
本法第六十九條第四款所稱依本法或其他有關法律規定免徵營利事業所得稅者，指依本法第四條第一項第十三款、第十四款及第十九款規定免納所得稅之教育、文化、公益、慈善機關或團體及其附屬作業組織、依法經營不對外營業之消費合作社、公有事業及依廢止前促進產業升級條例第九條、第九條之二、第十條、第十五條、第七十條之一、科學工業園區設置管理條例第十八條、獎勵民間參與交通建設條例第二十八條、促進民間參與公共建設法第三十六條、企業併購法第四十二條、第四十四條、國際金融業務條例第十三條、第二十二條之七第一項、第二十二條之十六第一項、國際機場園區發展條例第三十五條、自由貿易港區設置管理條例第二十九條、產業創新條例第二十三條之一及其他法律規定全部所得額免徵營利事業所得稅之營利事業。
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個人於年度中死亡或於年度中廢止在中華民國境內居所或住所離境者，除依法由配偶合併申報課稅或由符合規定之納稅義務人列為受扶養親屬者外，其應申報課稅之所得，如不超過當年度規定之免稅額及標準扣除額，按本法第十七條之一規定換算後之合計數者，依本法第七十一條第三項規定，免辦結算申報。但申請退還扣繳稅款及本法第十五條第四項規定之可抵減稅額，或依本法第十五條第五項規定課稅者，仍應辦理結算申報。
依本法第七十一條之一第一項及第二項規定，應使用結算申報書，準用本法第七十七條綜合所得稅結算申報書之規定。
依本法第七十一條之一第三項規定應使用之結算申報書，其屬對外營業之作業組織所使用者，準用本法第七十七條關於營利事業所得稅結算申報書之規定；其屬非營利團體及其對外無營業行為之作業組織所使用者，由財政部另訂之。
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依本法第七十一條第三項規定，個人綜合所得總額是否不超過當年度規定之免稅額及標準扣除額之合計數，稽徵機關應依查得資料核計之。經核計其綜合所得總額超過該合計數，如納稅義務人未依法辦理結算申報者，稽徵機關應依本法第七十九條規定辦理。
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納稅義務人依本法第七十二條第二項規定委託代理人代為申報納稅者，應由代理人出具承諾書，送請該管稽徵機關核准後，依本法代委託人負責履行申報納稅義務。
非中華民國境內居住之個人或在中華民國境內無固定營業場所及營業代理人之營利事業，如有非屬本法第八十八條規定扣繳範圍之所得，並無法自行辦理申報者，應報經稽徵機關核准，委託在中華民國境內居住之個人或有固定營業場所之營利事業為代理人，負責代理申報納稅。
本法第七十三條第一項所稱「如有非屬本法第八十八條扣繳範圍之所得」，指有本法第八條所規定之中華民國境內來源所得，及依本法第二條第二項規定，應分別就源扣繳應納稅額，但未列入本法第八十八條扣繳範圍；或雖已列入扣繳所得範圍，但因未達起扣額，或本法第八十九條未規定扣繳義務人者而言；所稱「依規定稅率納稅」，指非中華民國境內居住之個人，有非扣繳範圍之所得，並於該年度所得稅申報期限開始前離境時，應依當年度所適用同類扣繳所得之扣繳率，其未規定扣繳率者，準用同類之扣繳率申報納稅；所稱「應於申報期限內依有關規定申報納稅」，指納稅義務人在該年度依本法第七十一條及第七十二條規定之所得稅申報期限內尚未離境者，其所得應適用上列規定之扣繳率申報納稅。
國際金融業務分行，其總機構在中華民國境內者，除應依本法第七十三條之一規定申報納稅外，該分行之其餘所得應由其總機構依本法第三條第二項規定，合併辦理結算申報，並依本法、國際金融業務條例及所得基本稅額條例規定徵免營利事業所得稅。
國際金融業務分行、國際證券業務分公司或國際保險業務分公司與同址營業之機構共同負擔之費用，應由國際金融業務分行、國際證券業務分公司或國際保險業務分公司於開始營業之日起三個月內擬具分攤辦法報請該管稽徵機關核備。
本法第七十二條第二項、第七十三條第二項及本細則第六十條第二項規定受委託之代理人，未依規定期間代理申報納稅者，稽徵機關應依本法第七十九條規定，核定納稅義務人之所得額及應納稅額，通知其負責繳納之。
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存貨變現收入－存貨變現成本＝存貨變現損益
非存貨資產變現收益＋償還負債收益＋清算結束剩餘資產估價收益＋其他收益＝清算收益
非存貨資產變現損失＋收取債權損失＋清算結束剩餘資產估價損失＋清算費用＋其他損失＝清算損失
存貨變現損益＋清算收益－清算損失＝清算所得或虧損
清算所得－依法准予扣除之以往年度核定虧損額－各項依法免計入所得之收益－各項依法免稅之所得＝清算課稅所得
清算所得應按當年度營利事業所得稅稅率計課，本法第四十條規定，於清算所得之計算不適用之。
獨資、合夥組織之營利事業依本法第七十一條第二項或第七十五條第四項規定辦理結算、決算或清算申報，如有當期各類所得之扣繳稅額，得由獨資資本主或合夥組織合夥人按出資比例或合夥契約約定盈餘分配比例計算，於辦理同年度綜合所得稅結算申報時，自應納稅額中減除。
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納稅義務人辦理申報時未依規定檢附各項附表或證明文件者，稽徵機關應通知其於七日內補正。
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公司利用未分配盈餘增資時，其對中華民國境內居住之個人股東所增發之股份金額，除依已廢止之促進產業升級條例於中華民國八十八年十二月三十一日修正施行前第十六條及第十七條之規定辦理者外，應由受配股東計入增資年度綜合所得總額申報納稅；受配股東為非中華民國境內居住之個人及總機構在中華民國境外之營利事業，應由公司於配發時，依本法第八十八條規定辦理。
納稅義務人依本法第七十九條第一項規定補辦結算申報者，仍應依本法第七十六條第一項規定檢附有關書表單據；其依本法第一百零八條規定應加徵之滯報金或怠報金，由稽徵機關依本法第一百十六條第一項規定，填發核定通知書載明事實及依據，通知納稅義務人。
營利事業依本法第一百零二條之三第二項規定補辦未分配盈餘申報者，仍應依本法第一百零二條之二第四項規定檢附有關書表單據；其依本法第一百零八條之一規定應加徵之滯報金或怠報金，由稽徵機關依本法第一百十六條第一項規定，填發核定通知書載明事實及依據，通知營利事業。
本法第三條之四第四項、第七十五條第五項、第六項、第七十九條、第八十三條第一項、第三項、第一百零二條之二第二項、第一百零二條之三第二項及第一百零八條第二項所稱查得資料，指納稅義務人之收益損費資料。
本法第七十九條及第八十三條所定同業利潤標準，由財政部各地區國稅局訂定，報請財政部備查。
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稽徵機關依本法第八十條第四項之規定向公會徵詢意見時，應具書面，檢附「所得額標準調查表」限期通知查復。
本法第八十一條第二項所稱通知書之記載或計算有錯誤者，係僅指通知書之文字記載或各查定項目之數字上計算錯誤而言，其對查定之事實或法令之適用有所異議者，應依稅捐稽徵法第三十五條之規定申請復查。
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本法第八十三條所稱之帳簿文據，其關係所得額之一部或關係課稅年度中某一期間之所得額，而納稅義務人未能提示者，稽徵機關得就該部分依查得資料或同業利潤標準核定其所得額。
本法第八十三條所稱之帳簿文據，其關係未分配盈餘之一部，而納稅義務人未能提示者，稽徵機關得就該部分依查得資料核定其未分配盈餘。
本法第八十八條第一項所稱給付時，指實際給付、轉帳給付或匯撥給付之時。
公司之應付股利，於股東會決議分配盈餘之日起，六個月內尚未給付者，視同給付；應付之現金股利，由董事會依法決議發放者，於董事會決議分配盈餘之日起，六個月內尚未給付者，亦同。
依本法第八十八條應扣繳所得稅款之各類所得，如有依本法第四條第一項各款規定免納所得稅者，應免予扣繳。但採定額免稅者，其超過起扣點部分仍應扣繳。
銀行業貸放款之利息所得及營利事業依法開立統一發票之佣金、租賃及權利金收入，均免予扣繳。
信託行為之受託人以信託財產投資於營利事業者，該營利事業應以受託人為納稅義務人，依本法第一百零二條之一第一項規定填發股利憑單。
前項受託人應將獲配之股利或盈餘，依本法第三條之四第一項規定計算受益人之所得額，於本法第九十二條之一規定期限內，填發股利憑單予受益人；受益人有二人以上者，受託人應依本法第三條之四第二項規定之比例計算各受益人之所得額。
前項受益人為非中華民國境內居住之個人或總機構在中華民國境外之營利事業者，受託人應就前項所得額，依本法第八十九條之一第三項規定辦理扣繳，並依本法第九十二條之一規定填發扣繳憑單，免填發股利憑單。
本法第三條之四第六項規定之信託基金，其受託人應將扣繳義務人依本法第八十九條之一第一項規定扣繳之稅款，按所得類別分別計入受益人已扣繳稅款帳戶。
前項信託基金，受託人實際分配信託利益時，應以分配時各類所得之受益人已扣繳稅款帳戶餘額，占各該類所得累積未分配餘額之比率，按本次分配予各受益人之各該類所得額，分別計算各受益人得享有之各類所得已扣繳稅款。其計算公式如下：<div class="text-pre">受益人各類 各該類所得之受益人已扣繳稅款帳戶餘額 本次分配予受<br />所得已扣繳＝────────────────── ╳ 益人之各該類<br />稅款 各該類所得累積未分配餘額 所得額
受託人應按所得類別，將其依前項規定計算本次分配予受益人之已扣繳稅款，自各該類所得之受益人已扣繳稅款帳戶餘額中減除。
第二項信託基金之受託人於中華民國一百零七年一月一日以後實際分配之信託利益，屬所投資國內公司、合作社及其他法人分配之股利或盈餘者，受益人應依第十條之三規定辦理。
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扣繳義務人依本法第九十二條第一項規定填報扣繳憑單，應將所得人姓名或名稱、住址、統一編號、所得年度、給付總額、扣繳稅額等，依規定格式詳實填列。
受託人依本法第九十二條之一規定填報扣繳憑單或免扣繳憑單及相關憑單，應將所得人姓名或名稱、住址、統一編號、所得年度、給付總額或扣繳稅額等，依規定格式詳實填列。
前項規定所稱給付總額，指受託人依本法第三條之四規定計算或分配予受益人之所得額。
營利事業依本法第一百零二條之一第一項規定填報股利憑單，應將所得人姓名或名稱、住址、統一編號、所得給付年度、所得所屬年度、股利或盈餘金額等，依規定格式詳實填列。
公債、公司債及金融債券利息之扣繳義務人，應依下列規定扣繳稅款：
一、票面利率約定為固定利率或浮動利率者，扣繳義務人應於給付公債、公司債及金融債券之利息時，按給付金額依規定之扣繳率扣繳稅款。
二、零息債券者，扣繳義務人應於公債、公司債及金融債券到期還本時，按該債券發行金額與票面金額之差額依規定之扣繳率扣繳稅款。
三、內含轉換權、交換權、賣回權或贖回權等選擇權者，扣繳義務人應於給付利息補償金時，按給付金額依規定扣繳率扣繳稅款；如約定有票面利率者，扣繳義務人應另依第一款規定辦理。
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財產出租收取押金或任何款項類似押金者，或以財產出典而取得之典價者，應依本法第十四條第一項第五類第三款規定按當地銀行業通行之一年期存款利率，計算其租賃收入，於每年辦理結算申報時，由納稅義務人自行計算申報。
將財產無償借與他人使用者，應由雙方當事人訂立無償借用契約，經雙方當事人以外之二人證明確係無償借用，並依公證法之規定辦竣公證。
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本法第八十八條第一項規定之各類扣繳所得，如為實物、有價證券或外國貨幣，適用本法第十四條第二項規定計算。
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無記名股票或公司債持有人於領取公司發給之股利或利息時，應提示國民身分證交由營利事業或扣繳義務人抄錄其姓名、住址及國民身分證統一編號；持有人如屬營利事業，應提示事業名稱、負責人姓名、地址及營利事業統一編號，交由營利事業或扣繳義務人抄錄後，依本法第九十二條及第一百零二條之一規定辦理。
扣繳義務人依本法第九十四條將溢扣之款退還納稅義務人者，可向該管稽徵機關申請退還或就其同年度應扣繳稅款內留抵之。如已屆年度結束，應向該管稽徵機關辦理退還手續。
納稅義務人辦理結算申報，其已繳納及已扣繳之稅款非屬同一轄區而經核定須退還稅款者，應由結算申報地稽徵機關查明退稅。
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