稽徵機關進行營利事業移轉訂價調查時，依下列規定辦理：
一、營利事業已依第二十二條規定提示移轉訂價報告或其他替代文據者，稽徵機關應依本準則規定核定受控交易之常規交易結果，並據以核定相關納稅義務人之所得額。
二、營利事業未依第二十二條規定提示移轉訂價報告或其他替代文據或未能提示者，稽徵機關得依查得之資料，依前款規定核定之。其無查得之資料且營利事業未提示之移轉訂價報告或其他替代文據係關係其所得額計算之收入、成本或費用者，稽徵機關得依本法第八十三條及其施行細則第八十一條規定，就該部分相關之營業收入淨額、營業成本、營業費用，依同業利潤標準核定其所得額。
三、營利事業未依本準則規定送交或提示之文據為關係其所得額之資料、文件者，稽徵機關得依稅捐稽徵法第四十六條規定辦理。

從事受控交易之營利事業，應依本法及本準則規定決定其常規交易結果，並據以申報所得額。未依規定辦理致減少納稅義務，經稽徵機關依本法及本準則規定進行移轉訂價調整並核定相關納稅義務人之所得額，如有下列具體短漏報情事之一者，應依本法第一百十條規定辦理：
一、受控交易申報之價格，為稽徵機關核定之常規交易價格二倍以上，或為核定之常規交易價格百分之五十以下。
二、受控交易經稽徵機關調整並核定增加之所得額，達營利事業核定全年所得額百分之十，且達其核定全年營業收入淨額百分之三。
三、營利事業未提示第二十二條第一項規定之移轉訂價報告，且無法提示其他文據證明其訂價結果符合常規交易結果。
四、營利事業未於第二十一條至第二十二條之一規定之申報書表及移轉訂價文據揭露之受控交易，經稽徵機關調整並核定增加之所得額，達營利事業核定全年所得額百分之五，且達其核定全年營業收入淨額千分之十五。

從事受控交易之營利事業，有關收益、成本、費用或損益攤計之交易，經稽徵機關依本準則規定進行調查，並報經財政部或金融控股公司法第五十條規定之主管機關核准按營業常規或交易常規調整且經核課確定者，其交易之他方如為依本法規定應繳納中華民國所得稅之納稅義務人，稽徵機關應就該納稅義務人有關之交易事項進行相對之調整。