統一發票扣抵聯經載明「違章補開」者，不得作為扣抵銷項稅額或扣減查定稅額之憑證。但該統一發票係因買受人檢舉而補開者，不在此限。

有下列情形之一者，經海關補徵之營業稅額，不得列入扣抵銷項稅額：
一、營業人進口貨物，經查獲短報進口貨物完稅價格，並有本法第五十一條第一項各款情形之一。
二、保稅區營業人或海關管理之免稅商店、離島免稅購物商店辦理保稅貨物盤存，實際盤存數量少於帳面結存數量。