本辦法依所得稅法（以下簡稱本法）第二十四條第一項規定訂定之。

下列免納或停止課徵所得稅或不計入所得額課稅之免稅所得，應依本辦法規定分攤其相關之成本、費用或損失：
一、依本法第四條第一項第十六款規定免納所得稅之土地交易所得。
二、依本法第四條之五第一項第二款至第四款規定免納所得稅之土地、土地改良物交易所得。
三、依本法第四條之一規定停止課徵所得稅之證券交易所得。
四、依本法第四條之二規定停止課徵所得稅之期貨交易所得。
五、依本法第四十二條規定不計入所得額課稅之股利或盈餘。

前項各款規定以外之免稅所得，其相關成本費用或損失應分別辨認歸屬；無法分別辨認歸屬者，應以合理方式分攤之。

營利事業以房地或有價證券或期貨買賣為業者，於計算應稅所得及前條第一項各款免稅所得時，其可直接合理明確歸屬之成本、費用、利息或損失，應作個別歸屬認列；其無法直接合理明確歸屬之營業費用及利息支出，應依下列規定分別計算各該款免稅收入之應分攤數：
一、營業費用之分攤：
（一）營利事業因目的事業主管機關規範而分設部門營運且作部門別損益計算者，得選擇按營業費用性質，以部門營業收入、薪資、員工人數或辦公室使用面積等作為基準，分攤計算之。其未經選定者，視為以部門營業收入為基準。其計算基準一經選定，不得變更。如同一部門有應稅所得及免稅所得，或有二類以上之免稅所得者，於依本目規定分攤計算後，應再按部門之免稅收入占應稅收入與免稅收入之比例或免稅收入占全部免稅收入之比例分攤計算之。
（二）營利事業非因目的事業主管機關規範而分設部門營運或未作部門別損益計算者，應按各該款免稅收入淨額占全部營業收入淨額及非營業收入合計數之比例為基準，分攤計算之。
二、利息支出之分攤：
（一）利息收入大於利息支出者，全部利息支出得在應稅所得項下減除；利息收入小於利息支出者，利息收支差額分別按購買前條第一項第一款及第二款非屬固定資產土地、土地改良物、第三款有價證券或第四款期貨之平均動用資金，占全體可運用資金之比例為基準，採月平均餘額計算分攤之。所稱利息收支差額，其利息支出不包括可明確歸屬於購買固定資產土地、土地改良物之利息支出；所稱全體可運用資金，包括自有資金及借入資金；所稱自有資金，指權益總額減除固定資產淨額及存出保證金後之餘額，餘額為負數者，以零計算；借入資金包括股東往來。
（二）其購買之前條第一項第一款及第二款非屬固定資產土地、土地改良物、第三款有價證券或第四款期貨，於出售當年度，經運用後產生應稅收入及免稅收入，或產生二類以上之免稅收入者，於依前目規定分攤計算後，應再按全部免稅收入占應稅收入與全部免稅收入之比例或各項免稅收入占全部免稅收入之比例分攤計算之。
（三）前目所稱全部免稅收入，指處分其購買之前條第一項第一款及第二款非屬固定資產土地、土地改良物、第三款有價證券或第四款期貨產生之收入及經運用後產生免稅收入之合計數。
（四）其購買之前條第一項第三款有價證券屬債券者，依本款第一目規定計算分攤屬債券之利息支出後，於出售當年度，經運用後產生應稅債券利息收入及處分債券免稅收入，得選擇以全部處分債券免稅利益及損失合併計算之淨損益絕對值占全部處分債券免稅利益及損失合併計算之淨損益絕對值與應稅債券利息收入合計數之比例，計算處分債券免稅收入應分攤之利息支出，不適用本款第二目規定。其經選定者，當年度全部債券處分損益及債券利息收入應依本目規定計算應分攤之利息支出。

本條中華民國一百零七年十一月七日修正發布之前項第二款第四目施行時，尚未核課確定之營利事業所得稅結算申報案件，適用修正後之規定。

前條規定之營利事業購買之第二條第一項第一款及第二款非屬固定資產土地、土地改良物、第三款有價證券或第四款期貨，於年度結束前尚未出售者，其依前條規定計算應分攤之利息支出及可直接合理明確歸屬之成本、費用、利息或損失，應以遞延費用列帳，配合出售各款免稅收入列為出售年度之費用；如部分出售者，應按出售及未售成本之比例計算，分別轉作出售年度之當期費用及遞延費用列帳。

前項出售之土地、土地改良物、有價證券或期貨，於出售當年度，經運用後產生應稅收入及免稅收入，或產生二類以上之免稅收入者，應依前條第一項第二款第二目至第四目規定辦理。

第一項未出售之土地、土地改良物、有價證券或期貨，經運用後如有產生應稅收入者，其當年度可直接合理明確歸屬及依前條第一項第二款規定計算應分攤之利息支出可於各該產生應稅收入範圍內，列為當期費用，並准自計算當年度課稅所得額中減除。

營利事業非以房地或有價證券或期貨買賣為業，而有第二條第一項各款免稅所得之一者，於計算各該款免稅所得時，除本條第二項另有規定外，應將可直接合理明確歸屬之成本、費用、利息或損失，自發生當年度各該款免稅收入項下減除，免依前二條規定分攤無法直接合理明確歸屬之營業費用及利息支出。

前項營利事業持有非屬固定資產土地、土地改良物，於年度結束前尚未出售者，應依第三條第一項第二款規定計算應分攤之利息支出，併同該土地、土地改良物可直接合理明確歸屬之利息支出，以遞延費用列帳，於土地、土地改良物出售時，再轉作出售年度之費用；如部分出售者，應按出售及未售成本之比例計算，分別轉作出售年度之當期費用及遞延費用列帳。

營利事業持有非屬固定資產土地、土地改良物，於出售當年度，經運用後產生應稅收入及免稅收入，或產生二類以上之免稅收入者，應依第三條第一項第二款第二目及第三目規定辦理。

營利事業持有非屬固定資產土地、土地改良物，於年度結束前尚未出售，其經運用後如有產生應稅收入者，其當年度可直接合理明確歸屬及依第三條第一項第二款規定計算應分攤之利息支出可於各該產生應稅收入範圍內，列為當期費用，並准自計算當年度課稅所得額中減除。

依本辦法規定計算第二條第一項各款之可直接合理明確歸屬及應分攤之成本、費用、利息或損失，不得列為計算當年度課稅所得額之減除項目，應分別轉作當年度各免稅收入之減項。

本辦法自發布日施行。但第二條第一項第二款，自中華民國一百零七年度施行、同條項第五款，自一百零七年一月一日施行。