適用所得稅協定案件之調查、審核，應依中華民國與其他國家或領域所簽訂之所得稅協定規定辦理；其未規定者，依納稅者權利保護法、稅捐稽徵法、所得稅法、所得基本稅額條例、本準則及相關法令規定辦理。但所得稅法或其他所得稅減免法律規定較所得稅協定規定更有利者，適用最有利之法律。