本準則依所得稅法第八十條第五項規定訂定之。

適用所得稅協定案件之調查、審核，應依中華民國與其他國家或領域所簽訂之所得稅協定規定辦理；其未規定者，依納稅者權利保護法、稅捐稽徵法、所得稅法、所得基本稅額條例、本準則及相關法令規定辦理。但所得稅法或其他所得稅減免法律規定較所得稅協定規定更有利者，適用最有利之法律。

本準則用詞，定義如下：
一、所得稅協定：指中華民國依稅捐稽徵法第五條、所得稅法第一百二十四條或其他法律規定與他方締約國簽署生效之所得稅條約、協定或協議（含本文、換函、附錄、議定書及其他性質類似之國際書面約定），包括全面性協定及海、空運輸事業單項協定。
二、他方締約國：指與中華民國簽署所得稅協定之國家或領域。
三、雙方締約國：指中華民國及他方締約國。
四、主管機關：於中華民國，指財政部或其他依所得稅協定有關主管機關之規定指定之機關或人；於他方締約國，指其依所得稅協定有關主管機關之規定指定之機關或人。
五、他方締約國之企業：指由他方締約國之居住者所經營之企業。
六、上限稅率：指依所得稅協定規定，中華民國或他方締約國對所得、給付或收益之課稅，不得超過所得總額、給付總額或收益總額一定比率。

所得稅協定之適用，以中華民國或他方締約國之居住者為限。但適用之所得稅協定另有規定者，從其規定。

他方締約國之居住者依所得稅法、所得基本稅額條例及相關法令規定，應課徵所得稅者，得依適用之所得稅協定規定減免之。

中華民國之居住者依所得稅法、所得基本稅額條例及相關法令規定，應課徵所得稅者，其因他方締約國依適用之所得稅協定規定課稅產生之雙重課稅，得依該協定或其他稅法規定消除之。

稅捐稽徵機關或財政部賦稅署指定之調查人員調查、審核適用所得稅協定案件之構成要件事實時，應以實質經濟事實關係及其所生實質經濟利益之歸屬與享有為依據。

稅捐稽徵機關或財政部賦稅署指定之調查人員依前項規定調查、審核適用所得稅協定案件相關事實及情況，可合理認定有關之交易或安排，其主要目的之一係為直接或間接規避或減少稅負、延緩繳稅、退還稅款或獲取其他協定利益情形，且授予該等協定利益未符適用之所得稅協定條文意旨者，得依該協定有關防止協定濫用規定辦理；其未規定者，依納稅者權利保護法或其他法律有關租稅規避處理規定辦理。