保稅工廠保稅之次品、副產品、下腳、廢料、呆料及自用機器、設備廢品，應依下列規定辦理：
一、有利用價值部分：依海關進口稅則從量或按售價核定完稅價格（次品依第四十條第二項規定核計）課徵稅捐後准予內銷；或由海關予以監毀後，依其殘餘價值向海關報關補稅，提領出廠。但下腳、廢料因數量多或體積龐大，不易於廠內銷毀報廢，且其產品單位用料清表係採應用數量申報，無須辦理除帳者，保稅工廠得事先預估三個月數量，向海關申請核准先行辦理報關，並繳納相當金額之保證金放行，分批提領出廠；屆期無法全部提領出廠者，得向海關申請延長，其延長期限不得超過一個月，並以一次為限。
二、無利用價值部分：由海關視需要派員或會同各有關主管機關監毀。

前項第一款但書經海關核准先行辦理報關之下腳、廢料，應於先行辦理報關放行後四個月內，檢具實際數量之交易發票，供海關核定完稅價格；其有正當理由者，應於期限屆滿前向海關申請延長，其延長期限不得逾報關放行後一年。

保稅工廠因故未能復運出口之呆料或未能外銷之保稅產品或次品，得於原料保稅進口或加工完成之翌日起二年內，依第一項規定辦理後除帳，逾期應即依第一項第一款規定課徵稅捐後准予內銷。但遇有特殊情況，未及於前開期限內辦理者，得於期限屆滿前，向監管海關申請延長，其延長期限不得超過一年。

前條之保稅副產品、下腳、廢料等，未在保稅產品單位用料清表用料量中另列有損耗率，或雖已列有損耗率而未經核准者，得核實沖銷保稅原料帳。

第一項監毀案件，應事先造具報廢清冊，列明保稅貨物品名、編號、規格、數量及單位，並檢附有關證明文件，以書面或電子傳輸方式向監管海關提出申請；安全認證優質企業經評定為優級之保稅工廠，向海關申請免派員監毀經核准者，應於銷毀完成之翌日起十四日內，於報廢清冊加註銷毀日期、地點、銷毀方式及清運出廠目的地，並檢附銷毀後貨物圖片及其他有關證明文件，以書面或電子傳輸方式送監管海關核備。