保稅工廠不能外銷之保稅次品與在生產過程中所產生之保稅副產品、下腳、廢料及自用機器、設備廢品等，均應按類別、性質存儲於倉庫或經海關認可之其他場所，並應設置帳卡，隨時記錄存、出情形。但半成品形態之廢料，應分別列明使用原料情形，以備查核。
保稅工廠保稅之次品、副產品、下腳、廢料、呆料及自用機器、設備廢品，應依下列規定辦理：
一、有利用價值部分：依海關進口稅則從量或按售價核定完稅價格（次品依第四十條第二項規定核計）課徵稅捐後准予內銷；或由海關予以監毀後，依其殘餘價值向海關報關補稅，提領出廠。但下腳、廢料因數量多或體積龐大，不易於廠內銷毀報廢，且其產品單位用料清表係採應用數量申報，無須辦理除帳者，保稅工廠得事先預估三個月數量，向海關申請核准先行辦理報關，並繳納相當金額之保證金放行，分批提領出廠；屆期無法全部提領出廠者，得向海關申請延長，其延長期限不得超過一個月，並以一次為限。
二、無利用價值部分：由海關視需要派員或會同各有關主管機關監毀。
前項第一款但書經海關核准先行辦理報關之下腳、廢料，應於先行辦理報關放行後四個月內，檢具實際數量之交易發票，供海關核定完稅價格；其有正當理由者，應於期限屆滿前向海關申請延長，其延長期限不得逾報關放行後一年。
保稅工廠因故未能復運出口之呆料或未能外銷之保稅產品或次品，得於原料保稅進口或加工完成之翌日起二年內，依第一項規定辦理後除帳，逾期應即依第一項第一款規定課徵稅捐後准予內銷。但遇有特殊情況，未及於前開期限內辦理者，得於期限屆滿前，向監管海關申請延長，其延長期限不得超過一年。
前條之保稅副產品、下腳、廢料等，未在保稅產品單位用料清表用料量中另列有損耗率，或雖已列有損耗率而未經核准者，得核實沖銷保稅原料帳。
第一項監毀案件，應事先造具報廢清冊，列明保稅貨物品名、編號、規格、數量及單位，並檢附有關證明文件，以書面或電子傳輸方式向監管海關提出申請；安全認證優質企業經評定為優級之保稅工廠，向海關申請免派員監毀經核准者，應於銷毀完成之翌日起十四日內，於報廢清冊加註銷毀日期、地點、銷毀方式及清運出廠目的地，並檢附銷毀後貨物圖片及其他有關證明文件，以書面或電子傳輸方式送監管海關核備。
前條所稱保稅工廠保稅之次品、副產品、下腳、廢料、呆料及自用機器、設備廢品，定義如下：
一、次品：指產品存在缺陷或瑕疵，致未達客戶品質要求，但仍具備產品全部或部分功能，仍可供銷售者。
二、副產品：指在生產目標產品過程中，附帶產出之其他產品。
三、下腳：指產品在製造過程中，殘留之渣滓、邊料等，且為保稅工廠不能利用者。
四、廢料：指生產過程中，所產生不堪使用之物品。
五、呆料：指因工廠生產計畫變更、產品類型變更、國外訂單取消、數量確屬零星等原因而不予使用，或庫存期間已逾六個月之保稅原料。
六、自用機器、設備廢品：指保稅工廠不堪使用之自用機器、設備，其技術上已不存在修復可能性，或修復所需費用在經濟利益上顯不相當者。
保稅工廠存倉或在製之保稅物品，遭受水災、風災、火災或其他天然災害而致損毀，經於災害事實終止之翌日起一週內報請海關查明屬實者，得核實除帳。
保稅工廠存倉或在製之保稅物品，遭受失竊而致短少，經向警察機關報案取得證明報請海關查明屬實者，應自失竊之翌日起三個月內補稅除帳，其有特殊情形，報經監管海關核准者，得申請提供保證金暫免補稅，惟最長不得超過六個月，期滿後如仍未找回，即將保證金抵繳稅款結案，找回部分海關應將保證金退回。
保稅工廠進口保稅之原料或加工品，得申請監管海關核准後運出廠外加工，並以加工至半成品且該加工品以仍能辨別其所加工之原料者為限。但保稅工廠所生產之保稅產品已超過工廠產能，且其事先已具結負責以自己名義將運出廠外加工之保稅產品逕行出口或售與其他保稅工廠、科學園區園區事業、科技產業園區區內事業、農業科技園區園區事業或自由港區事業再加工出口者，得申請監管海關專案核准其運出廠外加工至成品。
前項廠外加工，應由保稅工廠先繕具出廠加工申請書，載明加工廠商名稱、地址、公司統一編號及工廠登記編號（其為自然人者，姓名、地址及身分證統一編號）、使用原料及加工品名稱、數量以及加工期限等，並檢附廠外加工品用料清表及合約向監管海關申請核准後，填具已經海關驗印之廠外加工紀錄卡一次辦理出廠，或在所核准之種類、數量及加工期限範圍內，逐批填具廠外加工紀錄卡，分批出廠。但保稅工廠委託所屬同一法人其他分廠之廠外加工案件，得檢附其他相關證明文件代替合約。
保稅工廠自國外進口或自其他保稅工廠、科學園區園區事業、科技產業園區區內事業、農業科技園區園區事業及自由港區事業購買之保稅原料，得申請監管海關核准，直接運至加工場所，進行廠外加工，其加工並以加工至半成品且須運回保稅工廠為限。
廠外加工由加工廠所添加之原料，不得申請退稅。但加工廠為保稅工廠者，得申請除帳。
運出廠外加工保稅之原料或加工品，如發生損耗致與運出數量不符時，應由海關查明原因，依照本辦法及其他有關法令規定處理。其加工過程較為複雜者，保稅工廠或加工廠商應事先提供資料，以供查核。
廠外加工之期限，以經監管海關核准廠外加工之翌日起六個月為限。但有特殊情形者，得於期限屆滿前，申請海關核准延長，其延長期限不得超過三個月，並以一次為限。不依規定期限運回工廠者，應於期限屆滿之翌日起十日內繕具報單補稅。
保稅工廠保稅物品出廠測試、檢驗、核樣或修理，應填具申請書經監管海關核准後提領出廠。
前項保稅物品出廠，監管海關得視物品數量及性質核定作業期間，其需展期者，應於屆滿前，以書面說明原因，向海關申請。但出廠期間合計不得超過六個月。
第一項保稅物品進出廠時，應登載於經海關驗印之保稅工廠送外測試、檢驗、核樣或修理保稅物品進出廠登記簿。不依第二項規定期限運回工廠者，應於期限屆滿之翌日起十日內繕具報單補稅。
保稅工廠進口或自科學園區園區事業、科技產業園區區內事業、農業科技園區園區事業及自由港區事業或其他保稅工廠購買之保稅原料，得經監管海關核准直接運至檢驗測試廠所從事廠外檢測。
保稅工廠得申請監管海關核准事先具結負責以自己名義將運出廠外檢測之保稅產品逕行出口或售與科學園區園區事業、科技產業園區區內事業、農業科技園區園區事業及自由港區事業或其他保稅工廠。
保稅工廠復運進口之保稅外銷品得經監管海關核准運出廠外維護、修理，並準用第四十六條規定辦理。未依規定辦理者，除事先經核准並以逕行復運出口者外，應於期限屆滿之翌日起十日內繕具報單補稅。
代保稅工廠加工之廠商應設置專區存儲保稅原料及加工品，並應設置帳卡隨時記錄保稅物品之存入、領出及結存數量，以備海關查核。
前項加工廠商已採電腦連線控管保稅物品之存入、領出及結存數量，供監管海關線上查核者，得免設置帳卡。
保稅工廠保稅產品出廠展列，應填具展覽品進出廠申請書，並檢附有關文件（如展覽單位之邀請函等），報請監管海關核准後提領出廠。
保稅產品出廠展列時間不得超過六個月，其需展期者，應以書面說明原因向海關申請，但合計期間以不超過一年為限。
展列之保稅產品應於明顯處加貼「本產品僅供陳列之用」之籤條。
展列之保稅產品進、出廠時，應登載於展列保稅產品進、出廠登記簿。保稅產品出廠展列不依第二項規定期限運回工廠者，應於期限屆滿之翌日起十日內繕具報單補稅。