依公司法組織登記設立之股份有限公司，其實收資本額在新臺幣五千萬元以上，設有登記合格之工廠，並具備下列條件者，得向海關申請核准登記為保稅工廠：
一、公司財務無累積虧損或申請時前三年（成立未滿三年者，以其存續期間為準）平均無虧損者，或雖有累積虧損，其虧損後資本淨額仍在新臺幣五千萬元以上，或已按扣除累積虧損後資本淨額不足新臺幣五千萬元之金額辦理增資或提供其他擔保。
二、公司之欠稅及罰鍰已繳清或已提供相當擔保。
三、廠區適於管理，設有警衛室，並派員駐守。
四、具備製造外銷成品應有之機器設備及完善之安全設施，經海關勘查符合規定。
五、分設之原料及成品倉庫，經海關勘查合格。但有不宜倉儲之笨重或具危險性之保稅物品者，應另設經海關認可之適當儲存處所。
六、廠房設施符合第五條所定標準。
七、具備電腦以處理有關保稅業務帳冊、報表及相關資料。
經依其他法律規定核准在中華民國境內設立之外國分公司，其實際匯入並經登記之營業資金在新臺幣五千萬元以上，設有登記合格之工廠者，得依前項規定向海關申請核准登記為保稅工廠。
第一項第一款累積虧損之認定，以經會計師簽證前一年度之財務報表為準。
海關視實施貨物通關自動化管理作業需要，得依實際情形公告要求保稅工廠設置電腦及相關連線設備以電子資料傳輸方式處理有關保稅業務，其作業規定，由海關訂定之。
中華民國九十年十二月三十日前已核准登記之保稅工廠未符合第一項第七款規定者，應於本辦法中華民國一百零二年六月十日修正施行之翌日起算六個月內建置完成。
保稅工廠之廠房設施應符合下列標準：
一、生產機器及設備已安裝完竣，能立即開工生產或已在生產中。
二、原料倉庫及成品倉庫須為堅固之建築，且具有防盜、防火、防水、通風照明及其他確保存貨安全之設施，並須與辦公室保持適當之隔離。
三、工廠範圍應與外界有適當之隔離設施。
經主管機關核准登記之工廠或已向主管機關提出申請登記之新設工廠，於向海關申請登記為保稅工廠前，得檢送工廠登記編號或工廠登記申請證明之有關文件，向海關申請派員實地輔導保稅工廠之設立。
申請登記為保稅工廠者，應檢具下列文件，向工廠所在地海關辦理：
一、申請書：應載明公司名稱、統一編號、工廠登記編號、公司地址、資本額、負責人姓名、身分證統一編號、電話號碼及工廠地址。尚未完成工廠登記者，得先檢具工廠登記申請證明文件代替工廠登記編號，並於主管機關核准工廠登記後，海關依第七條第一項規定辦理勘查前予以補正。
二、特許營業證及其影本各一份；非特許事業者，免送特許營業證。
三、公司章程及董監事名冊一份。
四、產品清表一份。
五、工廠、倉庫、笨重原料等儲存處所及生產機器配置平面圖各一份。
六、保稅工廠印鑑登記卡。
七、產品生產程序說明書及其各步驟使用原料名稱、數量暨工廠原物料管理制度有關資料各一份。
八、最近三年（成立未滿三年者，以其存續期為準）經會計師簽證之財務報表一份。
九、保稅工廠之廠房使用執照、建物所有權狀與土地所有權狀及其影本各一份；如係租賃者，應另檢附租賃契約與其影本各一份及廠房所有權人承諾書，載明同意該保稅工廠經廢止其登記時，其保稅物品可無條件繼續存放在廠房倉庫至少六個月，以供監管海關處理保稅物品。
申請登記為保稅工廠者，於海關核准登記前，如有先行進口自用機器、設備之需要，得向海關申請臨時監管編號，並繳納進口稅款保證金，辦理通關手續。
前項保證金，於核准登記為保稅工廠後，得向海關申請退還；經否准登記為保稅工廠者，海關得逕以前項保證金抵繳進口相關稅費。
申請廠商設有二個以上之工廠者，得分別就其中一個或二個以上之工廠申請設立保稅工廠。但各工廠間有相互提撥原料、半成品、成品之關係或產製外銷成品具有連貫性之製造程序者，不得僅就其中部分程序工廠申請登記為保稅工廠。
前條申請案件，海關應於書面審查合格之翌日起一週內派員赴廠勘查，經勘查合格之翌日起一週內通知外銷工廠洽期辦理監管，發給保稅工廠登記執照。
保稅工廠之公司名稱、地址、負責人、營業項目、工廠地址如有變更，或實收資本額減少時，保稅工廠應於辦妥變更登記之翌日起三十日內檢送有關證件影本，向監管海關辦理換照手續。但營業項目或廠址變更，應於變更前先報請監管海關核准。資本額增加時，應以書面向監管海關報備，得免單獨申請換照，俟其後有其他變更事項或須辦理換照時再併案辦理。
因公司名稱、負責人變更，依第二項辦理變更登記之保稅工廠，應於核准換照登記之翌日起十五日內向監管海關辦理印鑑變更登記、在未辦理變更前原印鑑仍得繼續使用。
經海關核准登記之保稅工廠，應於工廠門首懸掛名牌，其名稱為：「財政部關務署××關監管××公司保稅工廠」或「財政部關務署××關監管××公司××廠保稅工廠」。
保稅工廠得依保稅倉庫設立及管理辦法之規定，向海關申請於廠區內設立自用保稅倉庫。
前項自用保稅倉庫應與廠區其他部分隔離。
經核准登記之保稅工廠，由海關發給執照，並應每二年檢具第六條第一項第二款、第六款及第九款規定之文件辦理校正一次。