保稅倉庫業者有下列情事之一者，由海關依關稅法第八十八條規定，予以警告或處新臺幣六千元以上三萬元以下罰鍰，並得命其限期改正；屆期未改正者，按次處罰；處罰三次仍未完成改正者，得停止其六個月以下進儲保稅貨物或廢止其登記：
一、違反第五條規定。
二、未依第十一條規定提供足額保證金。
三、未依第十四條第二項規定進出貨物。
四、未依第二十三條、第二十四條、第二十六條、第三十條、第三十二條第一項、第三十三條第一項、第三十六條規定驗憑放行通知或准單提貨進出倉。