保稅倉庫業者有下列情事之一者，由海關依關稅法第八十八條規定，予以警告或處新臺幣六千元以上三萬元以下罰鍰，並得命其限期改正；屆期未改正者，按次處罰；處罰三次仍未完成改正者，得停止其六個月以下進儲保稅貨物：
一、違反第四條規定進儲物品。
二、未依第十六條第一項、第十七條規定進儲。
三、未依第二十二條規定，將保稅貨物存放露天處所。
四、未依第四十二條規定，將機具設備運入或運出保稅倉庫。

保稅倉庫業者有下列情事之一者，由海關依關稅法第八十八條規定，予以警告或處新臺幣六千元以上三萬元以下罰鍰，並得命其限期改正；屆期未改正者，按次處罰；處罰三次仍未完成改正者，得停止其六個月以下進儲保稅貨物或廢止其登記：
一、違反第五條規定。
二、未依第十一條規定提供足額保證金。
三、未依第十四條第二項規定進出貨物。
四、未依第二十三條、第二十四條、第二十六條、第三十條、第三十二條第一項、第三十三條第一項、第三十六條規定驗憑放行通知或准單提貨進出倉。

保稅倉庫業者有下列情事之一者，由海關依關稅法第八十八條規定，予以警告或處新臺幣六千元以上三萬元以下罰鍰，並得命其限期改正；屆期未改正者，按次處罰；處罰三次仍未完成改正者，得停止其三個月以下進儲保稅貨物：
一、未依第九條第一項、第三項及第四項規定辦理。
二、未依第二十條規定期限申報短溢卸情事。
三、未依第二十七條規定辦理。
四、未依第三十二條第二項規定，憑理機關員簽證並按月列報。
五、未依第三十二條第四項規定辦理外修。
六、未依第三十二條第五項規定辦理按月彙報。
七、未依第三十四條規定辦理重整。
八、未依第三十五條規定辦理檢驗、測試或維修。
九、未依第三十八條規定報明及檢附重整貨物所需內容及文件。
十、未依第四十七條規定向海關申辦保稅貨物之轉儲。
十一、未依第五十一條第一項、第三項至第五項規定辦理帳冊管理。
十二、未依第五十二條第一項規定印製表報報請海關驗印備查。

保稅倉庫業者有前項第一款情形，如係未依第九條第四項後段規定辦理，且涉及違反第五條第一項第一款規定者，依前條第一款規定處罰。<br />

保稅倉庫業者有下列情事之一者，由海關依關稅法第八十八條規定，予以警告或處新臺幣六千元以上三萬元以下罰鍰，並得命其限期改正；屆期未改正者，按次處罰；處罰三次仍未完成改正者，得停止其三十日以下進儲保稅貨物：
一、未依第十五條規定指定人員辦理保稅事項。
二、未依第十九條第一項規定辦理。
三、未依第二十一條規定存置貨物。
四、未依第三十二條第三項規定辦理。
五、未依第三十二條之一規定辦理。
六、未依第五十條規定請領准單，逕行檢查公證或抽取貨樣。

自用保稅倉庫按月彙報案件，未依第十八條及第二十五條規定辦理者，由海關依關稅法第八十八條規定，予以警告或處新臺幣六千元以上三萬元以下罰鍰，並得命其限期改正；屆期未改正者，按次處罰；處罰三次仍未完成改正者，得停止其三個月以下進儲貨物或按月彙報。

自用保稅倉庫喪失自主管理條件者，海關得依關稅法第八十八條規定，廢止其登記。<br />

保稅倉庫如有私運或其他違法漏稅情事者，依海關緝私條例及其他有關法律之規定處理。