經核准登記之保稅倉庫，應由海關及倉庫業者共同聯鎖。但經海關核准自主管理之保稅倉庫及設立於科技產業園區、科學園區、農業科技園區、國際機場與港口管制區內者，得免聯鎖。

海關對免聯鎖之保稅倉庫於必要時得恢復聯鎖或派員駐庫監管。<br />

貨物進出保稅倉庫，需由海關派員往返監視起卸貨物時，如因時間急迫，得由倉庫業者、有關輪船公司或航空公司提供交通工具；如需派員常駐監視，倉庫業者應供給該員辦公處所。

前項須由海關派員監視者，倉庫業者應依海關徵收規費規則有關規定繳納監視費。

保稅倉庫儲存之貨物，如經全部完稅或移倉，海關得應保稅倉庫業者之請求，准予暫行停業，停業期間，免徵規費。

保稅倉庫經准予暫行停業或事實上停業已滿二年者，海關得命其於一個月內復業、進儲貨物或提出合理說明，屆期不為者，海關得廢止其登記。

保稅貨物進出保稅倉庫，其押運加封作業由海關定之。

保稅倉庫依臺灣地區與大陸地區貿易許可辦法存儲經濟部未公告准許輸入之大陸地區物品之監管要點，由海關定之。

本辦法自發布日施行。但中華民國九十五年六月二十八日修正發布之第八條及第九條規定，自九十五年六月二十八日施行。

本辦法中華民國一百零四年七月二十四日修正發布之條文，自一百零五年三月十二日施行。但第四條、第二十四條第五款及第四十八條自發布日施行。