進出口、轉運、轉口貨櫃（物）在集散站之存放、移動及處理，依下列規定辦理：
一、集散站業者對於貨櫃（物）進出集散站應依相關規定切實控管。
二、裝運進口貨物之合裝貨櫃，應於進入集散站之翌日起十日內拆櫃進倉。如櫃裝貨物經海關扣押者，其運輸業者或承攬業者應檢具集散站業者同意書向海關申請核准後拆櫃進倉。
三、存站之進出口合裝或整裝實貨櫃，如須轉儲另一集散站或貨棧拆櫃進倉者，應由貨主、運輸業者、承攬業者檢具集散站業者轉站（棧）理由書及移站（棧）貨櫃及貨物清單，連同移入集散站或貨棧業者簽具之進站（棧）同意書及聯保單，向海關申請核發准單後始得憑以移運。
四、以貨櫃裝運之進口、轉運或轉口貨物卸存站內倉庫及已放行之出口貨物裝載貨櫃提出集散站，應於例假日以外每日上午六時至下午六時之內為之。出口貨物存入站內倉庫及已放行進口或轉運貨物提出站內倉庫，應在海關辦公時間內為之。但經海關核准實施自主管理之集散站、海運快遞貨物專區之貨物、多國貨櫃（物）集併作業之貨物或其他特殊情形在海關辦公時間內向海關申請經核准者，不在此限。
五、進出口、轉運貨櫃以層疊方式堆放者，實貨櫃與空貨櫃應分區堆放。實貨櫃並應按進出口、轉運櫃別堆放；以車架方式置放者，空貨櫃、實貨櫃得不分別分區排放，惟應以不同顏色之卡片標示進口櫃、轉運櫃、出口櫃及空貨櫃以利識別，集散站應於每日向海關監管單位提供貨櫃堆放動態表以資稽查。但存站之進、出口、轉運實貨櫃、空貨櫃其儲位以電腦控管並提供海關線上查核，經海關核准不分區存放者，不在此限。裝有危險物品之實貨櫃應有特別標誌並將其貨櫃號碼及儲位通知海關。
六、存倉貨物應依提單或提貨單分別堆置，不得相混。
七、凡貨物之包件過重或體積過大無法存入站內倉庫者，經海關核准，得在集散站之空地存放，並應將進出口、轉運貨物分區堆置，其安全與管理仍由該集散站業者負責。
八、存站之進口或轉運貨物，集散站業者應憑海關放行通知、提貨單、轉運准單或其他經海關核准之文件核對收貨人、貨物之標記、箱號及件數無訛後方准提貨出站。其為整裝貨櫃，並應核對貨櫃標誌、號碼無訛後始准提櫃出站。海關必要時得予抽核；對整裝貨櫃並得要求貨主拆櫃核對貨物之標記、箱號及件數。對轉運國內其他口岸之進口貨櫃，進口轉運地海關亦得要求拆櫃抽驗，必要時得取樣備查。
九、存站之進口、出口、轉運或轉口貨物，如須公證、抽取貨樣、看樣或進行必要之維護者，貨主應向海關請領准單，集散站業者須依准單指示在關員監視下辦理。至於所拆動之包件，應由貨主恢復包封原狀。但政府機關基於貨品檢驗（疫）需要所為之抽取貨樣、看樣作業，集散站業者依該機關核發之文件辦理。
十、存站之進口、轉運或轉口貨櫃（物），如有短卸或溢卸情事，集散站業者應於下列期限內繕具短卸或溢卸報告送達海關。該短卸或溢卸報告如須註銷或更正者，應於報告送達海關之翌日起三日內為之。但有特殊情形經海關核准者，不在此限：
（一）櫃裝貨物：拆櫃完畢之翌日起三日內。
（二）非櫃裝貨物：全部進儲完畢之翌日起七日內。
（三）整櫃、貨主自備空櫃：卸船完畢之翌日起一日內。
（四）海運快遞貨物：進倉完畢之翌日起一日內。
十一、海關依據海關緝私條例或其他規定處理之集散站存貨，得憑海關扣押貨物收據隨時押存海關倉庫，必要時得拆櫃押存海關倉庫，集散站業者不得拒絕。
十二、以貨櫃裝運之進口、轉運或轉口貨物，如有破損情事，集散站業者應於貨櫃拆櫃進倉之翌日起三日內檢具運輸業或承攬業者事故證明單一式二份，送交海關查核。
十三、以貨櫃裝運之出口貨物，因故未能出口者，應憑駐庫（站）關員簽證之文件辦理退關手續。
十四、已報關放行之出口貨物，須辦理退關者，集散站業者應查對出口貨物後，於出口貨物退關報告單簽證。
十五、集散站應於實貨櫃進站及出站時負責於貨櫃（物）運送單註明進、出站時間，貨櫃（物）進站如逾海關規定時間，應即報請海關處理。