進出口、轉運、轉口貨櫃（物）在集散站之存放、移動及處理，依下列規定辦理：
一、集散站業者對於貨櫃（物）進出集散站應依相關規定切實控管。
二、裝運進口貨物之合裝貨櫃，應於進入集散站之翌日起十日內拆櫃進倉。如櫃裝貨物經海關扣押者，其運輸業者或承攬業者應檢具集散站業者同意書向海關申請核准後拆櫃進倉。
三、存站之進出口合裝或整裝實貨櫃，如須轉儲另一集散站或貨棧拆櫃進倉者，應由貨主、運輸業者、承攬業者檢具集散站業者轉站（棧）理由書及移站（棧）貨櫃及貨物清單，連同移入集散站或貨棧業者簽具之進站（棧）同意書及聯保單，向海關申請核發准單後始得憑以移運。
四、以貨櫃裝運之進口、轉運或轉口貨物卸存站內倉庫及已放行之出口貨物裝載貨櫃提出集散站，應於例假日以外每日上午六時至下午六時之內為之。出口貨物存入站內倉庫及已放行進口或轉運貨物提出站內倉庫，應在海關辦公時間內為之。但經海關核准實施自主管理之集散站、海運快遞貨物專區之貨物、多國貨櫃（物）集併作業之貨物或其他特殊情形在海關辦公時間內向海關申請經核准者，不在此限。
五、進出口、轉運貨櫃以層疊方式堆放者，實貨櫃與空貨櫃應分區堆放。實貨櫃並應按進出口、轉運櫃別堆放；以車架方式置放者，空貨櫃、實貨櫃得不分別分區排放，惟應以不同顏色之卡片標示進口櫃、轉運櫃、出口櫃及空貨櫃以利識別，集散站應於每日向海關監管單位提供貨櫃堆放動態表以資稽查。但存站之進、出口、轉運實貨櫃、空貨櫃其儲位以電腦控管並提供海關線上查核，經海關核准不分區存放者，不在此限。裝有危險物品之實貨櫃應有特別標誌並將其貨櫃號碼及儲位通知海關。
六、存倉貨物應依提單或提貨單分別堆置，不得相混。
七、凡貨物之包件過重或體積過大無法存入站內倉庫者，經海關核准，得在集散站之空地存放，並應將進出口、轉運貨物分區堆置，其安全與管理仍由該集散站業者負責。
八、存站之進口或轉運貨物，集散站業者應憑海關放行通知、提貨單、轉運准單或其他經海關核准之文件核對收貨人、貨物之標記、箱號及件數無訛後方准提貨出站。其為整裝貨櫃，並應核對貨櫃標誌、號碼無訛後始准提櫃出站。海關必要時得予抽核；對整裝貨櫃並得要求貨主拆櫃核對貨物之標記、箱號及件數。對轉運國內其他口岸之進口貨櫃，進口轉運地海關亦得要求拆櫃抽驗，必要時得取樣備查。
九、存站之進口、出口、轉運或轉口貨物，如須公證、抽取貨樣、看樣或進行必要之維護者，貨主應向海關請領准單，集散站業者須依准單指示在關員監視下辦理。至於所拆動之包件，應由貨主恢復包封原狀。但政府機關基於貨品檢驗（疫）需要所為之抽取貨樣、看樣作業，集散站業者依該機關核發之文件辦理。
十、存站之進口、轉運或轉口貨櫃（物），如有短卸或溢卸情事，集散站業者應於下列期限內繕具短卸或溢卸報告送達海關。該短卸或溢卸報告如須註銷或更正者，應於報告送達海關之翌日起三日內為之。但有特殊情形經海關核准者，不在此限：
（一）櫃裝貨物：拆櫃完畢之翌日起三日內。
（二）非櫃裝貨物：全部進儲完畢之翌日起七日內。
（三）整櫃、貨主自備空櫃：卸船完畢之翌日起一日內。
（四）海運快遞貨物：進倉完畢之翌日起一日內。
十一、海關依據海關緝私條例或其他規定處理之集散站存貨，得憑海關扣押貨物收據隨時押存海關倉庫，必要時得拆櫃押存海關倉庫，集散站業者不得拒絕。
十二、以貨櫃裝運之進口、轉運或轉口貨物，如有破損情事，集散站業者應於貨櫃拆櫃進倉之翌日起三日內檢具運輸業或承攬業者事故證明單一式二份，送交海關查核。
十三、以貨櫃裝運之出口貨物，因故未能出口者，應憑駐庫（站）關員簽證之文件辦理退關手續。
十四、已報關放行之出口貨物，須辦理退關者，集散站業者應查對出口貨物後，於出口貨物退關報告單簽證。
十五、集散站應於實貨櫃進站及出站時負責於貨櫃（物）運送單註明進、出站時間，貨櫃（物）進站如逾海關規定時間，應即報請海關處理。
集散站大門、進口倉庫、出口倉庫、轉口倉庫（間）、保稅倉庫、拆併作業專區、雜貨櫃拆櫃專區、集中查驗區域、貴重物品儲存專用倉間、扣押庫及其他海關認為有必要之處所，應設置二十四小時連續錄影或動態偵測錄影、具回放及燒錄功能、並能存檔三十日以上且運作正常之閉路電視監控系統，連線至海關辦公室或其他場所，供海關查核及即時監看貨況。但設立於港口管制區內以儲存大宗或種類單純裸裝貨物之業者，得經海關核准免設置。
前項監控系統檔案存檔期間，海關認有必要時，得命業者延長存檔至九十日以上。
集散站門禁管制措施如下：
一、集散站大門應設置警衛哨所，由保全或倉管人員負責管制車輛及人員進出。
二、倉庫應置專人管理，人員出入須憑證件或許可文件，報關、報驗人員或貨主因陪同查驗、檢驗、檢疫、取樣或看樣而進入倉庫者，無現場關（官）員或經海關核准自主管理業者之專責人員在場時嚴禁碰觸貨物，查驗或作業完畢應將貨物包裝恢復原狀後迅速離開，不得逗留。
三、已放行或經海關核准退關、退倉之貨物提領出倉，應經保全或倉管人員核對放行憑條或運送單據，其運出集散站大門時亦同。
集散站業者應維持集中查驗區作業環境之整潔，並依海關指示辦理各項環境改善措施。
集散站業者應依海關規定格式，備具貨櫃及貨物存站紀錄簿冊或建置電腦進倉總簿檔，對於貨櫃及貨物之存入、提出、抽取貨樣或其他海關規定之事項，均須分別詳細立即登載，海關得隨時派員前往集散站檢查貨物及簿冊或要求查閱或印取有關資料，集散站業者不得拒絕。
海關並得要求集散站業者將貨櫃及貨物之存入、提出資料傳送海關查核。
轉口貨櫃（物）在集散站或碼頭專區之存放、移動及處理，除依第七條第一款、第四款、第六款、第七款、第九款至第十二款及第十五款辦理外，依下列規定辦理：
一、轉口之貨櫃，無須加裝、分裝或改裝者，於卸存期間，不得拆櫃卸貨進倉。
二、海運轉口貨櫃（物），經由海運轉運出口者，除經海關派員押運或核准加封電子封條外，不得進儲內陸集散站，亦不得以內陸運輸方式運送至其他港口辦理出口。
三、武器、彈藥、毒品等轉口貨櫃（物），限由原進口之港口或機場轉運出口。另菸、酒、武器、彈藥、毒品及麻醉藥品等轉口貨櫃（物）限進儲於卸船之港口集散站。
四、集散站或碼頭專區，應劃定特別區域，用以堆置轉口之貨櫃，且不得與裝運進出口貨物之貨櫃相混雜，必要時，海關得要求加設隔離設施。但其儲位以電腦控管並提供海關線上查核，經海關核准不分區存放者，不在此限。
五、轉口貨櫃卸存集散站或碼頭專區時，運輸業者應依海關核發之卸貨准單及特別准單，憑以卸船及進儲。轉運出口時，運輸業者或承攬業者應以轉運申請書向海關申請核發轉運准單，或逕依海關指示通知辦理出站及裝船手續。
六、轉口之海運貨櫃須加裝、分裝或改裝作業後轉運出口者，得依規定以下列方式之一辦理：
（一）運輸業者或承攬業者應事先以書面向海關申請裝櫃核准後，並經關員監視下，於集散站（或碼頭專區）內之轉口倉庫、轉口倉間或其他經海關核准之場所辦理。但倉儲業者及運輸業者，或倉儲業者及承攬業者為安全認證優質企業，且事先以書面方式聯名向海關報備者，得逕行於集散站（或碼頭專區）內之轉口倉庫或轉口倉間辦理，必要時，海關亦得派員查核。作業完成後，憑相關文件向海關申請更正進（轉）口貨物艙單，以辦理後續轉運申報或出口裝船等通關程序。
（二）運輸業者或承攬業者辦理多國貨櫃（物）集併作業，貨物應進儲海關核准場所，並依序辦理轉運出口及裝櫃申請，經海關核准始得辦理裝（併）櫃作業，如海關發出指示通知者，集散站業者應配合辦理。
七、非櫃裝轉口貨物須於散裝碼頭進口貨棧內之轉口倉庫、轉口倉間或其他海關核准之場所裝櫃者，應事先以書面載明貨物品名、數量，向海關申請，經核准後，於關員監視下辦理裝櫃；裝櫃完成後應即加封，並申辦移儲至港口集散站轉口櫃專區或碼頭專區，但移儲於同一區段碼頭內者，免填貨櫃（物）運送單。
八、經海關核准轉運之轉口貨櫃（物），除海運轉口貨櫃（物）經由海運轉運出口者外，其須打盤、裝櫃者，海關得核准直接運往儲存一般出口貨物之貨棧、港口或內陸集散站，在關員監視下，辦理打盤、裝櫃作業。
集散站業者辦理前項第六款第二目作業，非經海關核准，不得於拆併作業專區以外場所拆卸或裝櫃。
集散站業者辦理第一項第六款第二目作業，轉口貨櫃內載有進口貨物者，應於拆併作業專區拆卸，並將該進口貨物立即移儲進口倉庫；貨櫃加裝出口貨物者，應將出口貨物運送至拆併作業專區後，始得加裝。
集散站業者違反第一項第六款第二目或前項規定者，除依第二十八條規定處理外，海關並得停止六個月以下進儲多國集併作業之貨櫃（物）或廢止其作業。
集散站內之進口倉庫、出口倉庫及轉口倉庫比照海關管理進出口貨棧辦法之有關規定辦理；集散站內之保稅倉庫依保稅倉庫設立及管理辦法之規定辦理。
集散站業者應配合中央水利主管機關、地方政府、航政機關、警政機關及海關等有關機關勘察貨櫃堆置之安全管理。
集散站符合前條規定及下列條件者，得向海關申請核准辦理多國貨櫃（物）集併作業：
一、設置高風險轉口貨物集中存放區域：菸、酒、武器、彈藥、毒品、麻醉藥品、管制進口之大陸農漁畜產品及食品應於轉口倉庫或轉口倉間集中存放。
二、設置拆併作業專區：應鄰接轉口倉庫或轉口倉間之月臺或區域，專供拆櫃及併裝作業。
三、集散站業者應自行建置與海關系統相容之電子封條軟硬體設備，供讀取電子封條。
集散站業者辦理多國貨櫃（物）集併作業，不符前項各款條件之一者，除依第二十七條規定處理外，海關並得停止六個月以下進儲多國集併作業之貨櫃（物）或廢止其核准。
（刪除）
進口、出口、轉運、轉口之實貨櫃卸存碼頭者，按一般卸存碼頭之進出口貨物處理。
運輸業者、承攬業者及集散站業者辦理貨櫃卸船、裝船、出站、進站及存站手續，應依下列規定辦理：
一、集散站業者應擷取運輸業者及承攬業者以電子資料傳輸分送之進口艙單訊息及卸貨准單、特別准單（含貨櫃清單）訊息辦理存站手續。如未與通關網路連線者，則憑書面文件辦理之。
二、依海關通知配合辦理加封電子封條或儀器檢查等事項。
三、貨櫃直接進儲原碼頭或同區段碼頭港口集散站或碼頭專區者，運輸業者免列印貨櫃（物）運送單，應俟貨櫃加封後，送交集散站業者驗明貨櫃標誌、號碼及封條號碼無訛後憑以點收進站。貨櫃進儲其他區段港口集散站或內陸集散站須出碼頭管制站者，運輸業者或集散站業者應俟貨櫃加封後，列印並立即傳輸或輸入貨櫃（物）運送單至物聯網全時監控服務平臺，隨同貨櫃送交貨櫃卸存地之集散站業者驗明貨櫃標誌、號碼及封條完整無訛後，憑以點收進站。貨櫃（物）運送單並應留存，俾憑查核勾稽。
四、運輸業者、承攬業者及集散站業者於貨櫃卸船、裝船、出站、進站、存站等各階段作業完畢後及貨櫃拖車進站領櫃時，應即以電子資料傳輸至海關核可平臺辦理登錄作業。
前項卸船貨櫃之加封，運輸業者應在適當地點設立加封站，並指派足夠人員，專任對船卸下之實貨櫃加封工作，關員不定時巡查或抽核。但卸船碼頭及集散站已實施自動化並經海關核可者，不在此限。
第二項貨櫃（物）之運送控管所需文件、電子資料傳輸及其作業規定，由海關訂定並公告。
工廠以整裝貨櫃裝運自用器材原料進口，海關得酌情核准直接卸存工廠候驗。該項貨櫃，應憑運輸業者或承攬業者及收貨工廠聯保單由海關簽發正副特別准單（附貨櫃清單）各一份，以正本送經辦關員加封後，准許運存該工廠負責保管，以副本送稽查單位，並按下列規定辦理：
一、經辦關員於加封時應填發並立即輸入貨櫃運送單（附密封貨櫃清單）至物聯網全時監控服務平臺，隨同貨櫃送該工廠，於海關派員至工廠查驗時，原封遞交驗貨關員。
二、經驗貨關員驗明貨櫃封條完整並查驗貨物無訛後，即予放行，並將運送單附入有關進口報單；貨櫃清單簽證後加封送還原簽發單位與存底核對後銷案。
三、驗貨關員於查驗時如發現申報不實或短少、虛報等情事，應以隨身攜帶之封條予以加封不予放行，並即報請核辦。
前項貨櫃所裝之器材及原料，在未辦妥報關手續經海關放行以前，不得啟封移動。
科技產業園區、科學園區及農業科技園區內各工廠以整裝貨櫃裝運自用器材原料進口者，除有特別規定者外，準用前二項規定辦理。
集散站業者點收出口貨櫃（物）後應出具進倉證明，並立即傳送海關。
以貨櫃裝運之出口貨物經海關放行後，運輸業者或承攬業者應向海關申請核發封條或依法規申請海關核准使用自備封條，由集散站業者辦理貨櫃加封作業，於貨櫃出站時列印並立即傳輸或輸入貨櫃（物）運送單（兼出進站放行准單）至物聯網全時監控服務平臺，並以電子資料傳輸辦理貨櫃出進站及裝船手續。但進港口集散站之出口整裝貨櫃，經海關免驗放行，並在原碼頭裝船者，免加封海關封條。
前項貨物於辦妥報關放行手續後，即予放行。但海關認為有查驗必要時，得開櫃再驗，符合後始准裝船。
凡出口貨物未經海關核准，即行以整裝方式裝櫃者，集散站業者應對有關貨櫃過磅，並將重量詳載於進倉證明，以供海關查核；駐站關員對於此類貨櫃應核對貨櫃標誌、號碼及櫃數；驗貨關員認有將貨物全部檢出查驗之必要者，貨主應配合辦理，其因此而延誤班期或增加之任何費用，應由貨主自行負責。出口貨物以併裝方式裝櫃者，在海關放行前不得先行裝櫃。但集散站業者具有正當理由經事先申請並經海關核准者，不在此限。
以海運方式辦理之進口轉運貨櫃及出口或轉口貨櫃，運輸業者應分別憑進口貨櫃清單或出口貨櫃清單辦理裝卸船作業，並傳輸貨櫃動態裝卸船訊息至海關核可平臺，關員不定時巡查或抽核。
工廠以整裝貨櫃方式裝運成品出口，於裝貨入櫃前，經海關依其申請酌情核准派員到工廠依據出口報單查驗，經驗明無訛後，除應將有關出口報單送交出口單位核辦簽放手續外，應於監視裝櫃加封後，填發並立即傳輸或輸入貨櫃（物）運送單至物聯網全時監控服務平臺，及簽發出口貨櫃清單，該清單一份存查，另二份密封隨同貨櫃送交出口地海關關員驗明封條正常並憑海運出口貨物放行通知裝運後，一份留存稽查或倉棧單位，另一份經稽查或倉棧單位密封後退還原簽發單位，俾與存底核對後銷案；以電子資料傳輸辦理貨櫃出站、進站及出口裝船登錄作業，得免簽發出口貨櫃清單。
前項以貨櫃裝運之出口貨物於運抵出口地海關時，海關認為有查驗之必要時，仍得開櫃複驗。
業經海關查驗裝貨後之出口貨櫃，如須重行開櫃加裝、分裝或改裝者，應由運輸業者、承攬業者或原貨櫃貨物輸出人向海關申領特別准單或核准文件於關員監視下，在站內出口倉或站內指定專區辦理。
前項關員監視作業海關得責由集散站業者辦理，並由海關派員巡視或查核。
轉口之實貨櫃須起岸、加裝、分裝或改裝而未能在專營或兼營轉口貨物之集散站內辦理者，應由運輸業者或承攬業者向海關申領特別准單，於關員監視下在貨櫃起卸碼頭辦理加裝、分裝或改裝後，加封裝船。
（刪除）
（刪除）
外銷國產貨櫃於初次出口時，不論其是否裝運貨物，均應依一般出口貨物之規定辦理出口報關手續。
前項外銷國產貨櫃，以空貨櫃立即報運出口者，得以船邊驗放方式辦理放行裝船。
前條外銷國產貨櫃，無法立即報運出口者，應按下列規定辦理出口手續：
一、應依出口貨物辦理進倉手續，將空貨櫃運存集散站集中存放，不得與其他貨櫃混合，未經完成報關驗放手續，不得隨便移動。
二、貨櫃進存集散站前，由其買主或代理人填具海運出口貨物進倉證明書，連同集散站出具之碼頭聯保單交駐站關員憑以點驗空貨櫃進站，駐站關員於點驗無訛後，應在海運出口貨物進倉證明書上予以簽證。
三、辦理出口報關時，應依照一般出口貨物之規定辦理，同時檢附買主或代理人簽收貨櫃之文件。出口報單除應載明貨櫃隻數、標誌、號碼、規格、淨重、價值等資料外，並應加附外銷品使用原料及其供應商資料清表；但保稅工廠產製者得免附。
四、完成出口報關手續之外銷國產貨櫃，除保稅工廠產製者外，應俟裝船出口後，始由出口簽證單位核發出口報單副本供出口廠商辦理退稅。
五、保稅工廠外銷之國產貨櫃得免進儲集散站，逕向其監管海關之出口單位辦理出口通關作業。
六、保稅工廠應對前款外銷國產貨櫃於出口報單放行後半年內自行依運輸業者或承攬業者開具之出口證明文件按報單號碼逐案逐櫃核銷送監管海關備查。
以貨櫃裝運貨物進出口時，除未經簽發提單（裝貨單）之貨櫃於艙單申報外，貨櫃本身及其所裝運之貨物均應依規定申報。
未經簽發提單（裝貨單）之空貨櫃，進口時應將貨櫃標誌、號碼、數量列報於進口艙單最後一頁並免加列艙單號碼；出口時應填具出口貨櫃清單向海關申請核發特別准單。裝卸櫃時，並應由運輸業者指派足夠人員專任開啟空貨櫃受檢工作，以便關員檢查，俟裝卸完畢後，由其指派人員簽認實際裝卸數量及號碼，以備海關查核。
卸船碼頭及集散站已實施自動化並經海關核可者，得免辦理前項進口空貨櫃卸船時之受檢工作。
第九條第一項第七款、第十四條第五項、第十六條、第二十三條規定之海關辦理事項，得由經海關核准實施自主管理之集散站自行辦理。
第七條第十三款及第十四條第二項規定駐庫（站）關員簽證之文件及第九條第一項第六款第一目、第八款、第十四條第二項、第十六條第一項規定關員監視之事項，經海關核准實施自主管理之集散站得免辦理。
第七條第二款、第四款、第九款及第九條第一項第二款、第七款規定應由海關監視事項，經海關核准自主管理之集散站，海關未派駐站關員監視者，免徵收特別監視費。
集散站業者有欠繳稅款、規費或罰鍰時，海關得就其所繳保證金抵繳。
保證金因前項抵繳而不足時，集散站業者應於海關通知之翌日起一個月內補繳其差額。