經營通關網路業者取得經營許可執照後，仍應符合第六條第一項第一款及第二款規定，並應於每年六月底前向財政部提出前一年度營運報告、會計師查核簽證之財務報告及其他營運有關文件。財政部於必要時，並得派員實地檢查，經營通關網路業者不得規避、妨礙或拒絕檢查。

財政部檢視前項文件及實地檢查結果，如發現有違反本辦法規定者，得以書面通知經營通關網路業者限期改善。但違反第六條第一項第二款規定者，財政部得以書面通知業者限期提出改善計畫，報財政部備查。