經營通關網路業者，其營運項目如下：
一、提供與單一窗口、連線業者、其他通關網路業者事業間電子資料傳輸之轉接。
二、電子資料存證服務。
三、建立公共資料庫並提供查詢。
四、提供海關資料庫查詢轉接服務。
五、通關資訊或電腦應用系統之開發或提供。
六、資訊處理服務。
七、受連線機關之委託辦理通關有關事項。
八、其他與通關網路有關事項。

經營通關網路業者相互之間，或對連線業者為通關作業需要所提連線之要求，除有不繳服務費情事者外，不得拒絕。

經營通關網路業者間網路互連後，未經財政部同意不得自行斷線。

經營通關網路業者，其開始營業日期、對外營業時間及營運項目，應報經財政部同意後實施。變更時，亦同。

經營通關網路業者，提供連線業者通關網路業務服務之收費基準，應先行檢附成本及計算方式等相關資料，申請財政部同意。變更時，亦同。

經營通關網路業者間依本辦法規定提供之網路互連服務，其收費基準應先自行協商；如未能達成協議，得檢送成本及計算方式等相關資料，由財政部訂定合理收費基準。

經營通關網路業者，對其連線用戶所傳輸、交換之電子資料，應以善良管理人注意義務，負責正確之傳輸、交換或處理，其有錯誤、毀損、滅失或其他不正確傳輸、交換或處理情事者，並應負責改正及補救。

前項傳輸、交換或處理應予存證。其存證之期間，除法令另有規定外，從其與連線用戶之約定。

通關網路之作業規範，應符合海關為實施貨物通關自動化及單一窗口作業所公告之連線及資訊處理等作業規範。

經營通關網路業者取得經營許可執照後，仍應符合第六條第一項第一款及第二款規定，並應於每年六月底前向財政部提出前一年度營運報告、會計師查核簽證之財務報告及其他營運有關文件。財政部於必要時，並得派員實地檢查，經營通關網路業者不得規避、妨礙或拒絕檢查。

財政部檢視前項文件及實地檢查結果，如發現有違反本辦法規定者，得以書面通知經營通關網路業者限期改善。但違反第六條第一項第二款規定者，財政部得以書面通知業者限期提出改善計畫，報財政部備查。

經營通關網路業者，應維持其通關網路系統之正常運作。如有障礙，應儘速排除並維護其系統與相關設備正常運作，必要時，應採取妥善之備援措施，使系統障礙所生影響減少至最低程度。

因前項系統障礙需停止傳輸、交換或處理作業時，應儘速通知單一窗口、連線機關及連線業者。

經營通關網路業者，應預防勞資糾紛、罷工、怠工及倒閉、歇業、停業等情事之發生，因其發生而影響網路系統之生存及正常運作之虞者，應妥速解決及消除，並及時通知財政部及連線用戶。

經營通關網路業者，對前項情事之消弭、解決，必要時，得請求財政部等相關機關協助。

經營通關網路業者，擬停止其業務之全部或一部時，應於停止之一年前經財政部核可，未經核可，不得擅自停止營業。

財政部得設危機處理小組，以因應通關網路之營運發生重大事故或危機，以避免影響通關自動化之作業與安全。