經營通關網路業者取得經營許可執照後，違反第六條第一項第一款規定者，由財政部依關稅法第八十二條規定，予以警告或處新臺幣十萬元以上五十萬元以下罰鍰，並得命其限期改正；屆期未改正者，按次處罰；處罰三次仍未完成改正者，得停止六個月以下傳輸通關資料業務或廢止其許可。