經營通關網路業者取得經營許可執照後，違反第六條第一項第一款規定者，由財政部依關稅法第八十二條規定，予以警告或處新臺幣十萬元以上五十萬元以下罰鍰，並得命其限期改正；屆期未改正者，按次處罰；處罰三次仍未完成改正者，得停止六個月以下傳輸通關資料業務或廢止其許可。

經營通關網路業者有下列情事之一者，由財政部依關稅法第八十二條規定，予以警告或處新臺幣十萬元以上五十萬元以下罰鍰，並得命其限期改正；屆期未改正者，按次處罰；處罰三次仍未完成改正者，得停止六個月以下傳輸通關資料業務或廢止其許可：
一、違反第十二條、第十八條或第二十條規定。
二、違反第十七條第一項關於依限提出營運及財務相關文件之規定；或違反同條項關於不得規避、妨礙、拒絕檢查之規定。

財政部依第十七條第二項或第二十四條規定通知經營通關網路業者限期改善或限期提出之事項，屆期未完成改善、未依限提出或未依其提出之改善計畫據以改善者，由財政部依關稅法第八十二條規定，處新臺幣十萬元以上五十萬元以下罰鍰，並得命其限期改正；屆期未改正者，按次處罰；處罰三次仍未完成改正者，得停止六個月以下傳輸通關資料業務或廢止其許可。