離島免稅購物商店保稅貨物於存儲期間，遭受損失或損壞者，應依關稅法第五十條及同法施行細則第三十九條規定辦理；其於災害事實終止之翌日起算一週內報經海關查明屬實者，得核實除帳。

離島免稅購物商店保稅貨物於存儲期間，因失竊而致短少，經向警察機關報案取得證明，報經監管海關查明屬實者，應自失竊之翌日起算三個月內，按貨物進儲自用保稅倉庫時之價格與稅率補稅除帳。但失竊貨物尚在追查中者，監管海關得依納稅義務人申請准其繳納保證金，其在失竊之翌日起算六個月內找回者，退還保證金。