離島免稅購物商店應指定專責人員二人以上代表處理保稅自主管理事項。
前項專責人員應通過海關舉辦或由海關審查通過之民間機構舉辦之專業訓練並取得合格證書。
專責人員變更時，離島免稅購物商店應即通知海關，以供備查。
第一項自主管理包括下列事項：
一、離島免稅購物商店之巡視。
二、離島免稅購物商店門鎖啟閉之控管。
三、保稅貨物進出離島免稅購物商店之點驗。
四、保稅貨物移運之加封及啟封作業。
五、海關封條（含電子封條）之領用及核銷作業。
六、逾存儲期限保稅貨物之查對。
七、保稅貨物遭受損失或損壞案件之辦理。
八、各種有關報表文件之編製、核對簽章、造送、登記、整理、歸檔及保管等工作。
九、違章或異常案件之報告。
十、其他依法應配合辦理事項。
離島免稅購物商店應依保稅倉庫設立及管理辦法規定設置自用保稅倉庫，存儲專供銷售之貨物。
離島免稅購物商店之保稅貨物，如需維修、退回原供應廠商或退運出口，應移運至其自用保稅倉庫辦理。
離島免稅購物商店銷售之貨物，應依規定先辦理進儲自用保稅倉庫，其通關手續依關稅法及相關法規辦理。
前項進儲自用保稅倉庫之保稅貨物，經臺灣本島轉運離島地區者，應依海關管理保稅運貨工具辦法規定辦理。
離島免稅購物商店、提貨處及其自用保稅倉庫間保稅貨物之移運，應將移倉申請書（含裝箱單明細）電子資料傳輸至海關離島免稅購物商店系統，經系統回應記錄有案憑以移運。因天災、事變、不可抗力或連線中斷等事由，致未能傳輸者，應先報經監管海關核准後始得先行移運，並於系統恢復後儘速傳輸。
離島免稅購物商店與其提貨處設置於同一離島地區之不同島嶼者，前項保稅貨物經監管海關核准，得自其自用保稅倉庫移運至提貨處，並應於移倉申請書（含裝箱單明細）加列售貨單號碼及售貨單項次傳輸至海關離島免稅購物商店系統。
前二項保稅貨物應於移運前檢附移倉申請書（含裝箱單明細）一份供海關查核，經專責人員核對無訛後辦理加封，監管海關得視需要辦理押運。
第一項及第二項保稅貨物之移運，應以保稅運貨工具依海關管理保稅運貨工具辦法規定辦理。但移出入處所均設於同一機場、港口管制區內，或經監管海關核准免以保稅運貨工具移運者，不適用之。<br />
離島免稅購物商店及存儲於其自用保稅倉庫之保稅貨物存儲期限以二年為限。但經海關核准者，得延長一年。
前項貨物存儲期間，應自進儲離島免稅購物商店自用保稅倉庫之日起算。
自保稅倉庫轉儲離島免稅購物商店自用保稅倉庫之貨物，其存儲期間，自最初進儲保稅倉庫之日起算；自物流中心轉儲且屬海關公告定有存倉期限之貨物，其存儲期間，自最初進儲物流中心之日起算。
第一項經海關核准延長次數，除因天災、事變或其他不可抗力之事由外，以一次為限。
離島免稅購物商店及存儲於其自用保稅倉庫之保稅貨物，未於第一項規定之存儲期限內售出者，應自期限屆滿之翌日起三十日內，向海關申報退運出口或退回原國內產製廠商或申請補稅銷帳。
離島免稅購物商店之監視系統應維持正常效能，二十四小時連續錄影，其監視錄影檔案應存檔三十日。但因天災、事變或不可抗力之因素者，不在此限。
前項監管海關查核時，離島免稅購物商店應配合調閱錄影影像存檔資料，不得拒絕。
離島免稅購物商店銷售貨物予旅客，並由其隨身攜出離島地區至臺灣本島或其他離島地區之免稅品目、數量、金額，其範圍如下：
一、酒類：每人每次一公升（不限瓶數）以下，全年合計數以十二次為上限。
二、菸品：每人每次捲菸二百支以下，或每人每次雪茄二十五支以下，或每人每次菸絲一磅以下，全年合計數以十二次為上限。
三、前二款以外之貨物，銷售金額在新臺幣十萬元以下者。
離島免稅購物商店銷售貨物予旅客，並由其隨身攜出離島地區至大陸地區或其他國家者，其免稅品目、數量、金額，範圍如下：
一、酒類：每人每次三公升（不限瓶數）以下。
二、菸品：每人每次捲菸二百支以下，或每人每次雪茄二十五支以下，或每人每次菸絲一磅以下。
三、前二款以外之貨物，銷售金額在新臺幣一百萬元以下者。
前二項第一款酒類銷售對象限年滿十八歲旅客；前二項第二款菸品銷售對象限年滿二十歲旅客。
旅客當次自同一離島地區各免稅購物商店購買之免稅貨物，其數量及金額應合併計算，並以不超過第一項、第二項所定數量及金額為限。<br />
離島免稅購物商店銷售予旅客之貨物，其金額或數量逾前條所定限額者，離島免稅購物商店應就超額部分，依關稅法、貨物稅條例、菸酒稅法、加值型及非加值型營業稅法規定計算稅額，代向旅客收取，並開立含上列稅款之售貨單交付旅客收執。
離島免稅購物商店依前項規定向旅客收取之稅款，應於次月十五日前向海關彙報並繳納。
離島免稅購物商店銷貨時，應要求購貨人出示護照、外僑居留證、旅行證件或身分證明文件，經核對旅客身分無訛後，始得銷售。
離島免稅購物商店應公開標示貨物銷售價格。
離島免稅購物商店銷貨時，應開立二聯售貨單，並應經購貨人簽名，第一聯以電腦列印交購貨人收執，作提貨用，第二聯由離島免稅購物商店以電腦列印或電子儲存備查，或報經監管海關核准以電子媒體儲存備查，供監管海關及主管稅捐稽徵機關使用。
監管海關及主管稅捐稽徵機關必要時得調閱查核離島免稅購物商店保存備查之售貨單第二聯。
第三項所定售貨單應載明旅客所乘運輸工具名稱或航班、旅客身分證統一編號，非中華民國籍旅客應登錄旅行證件、外僑居留證統一證號或護照號碼。<br />
離島免稅購物商店應於貨物銷售及提貨時，即時將售貨單及提貨資料以電子資料傳輸方式傳送至海關離島免稅購物商店系統，始得辦理銷售貨物之除帳作業。
離島免稅購物商店辦理旅客退貨，原售貨單上應加註退貨字樣或檢附相關證明文件，並應將退貨資料以電子資料傳輸方式傳送至海關離島免稅購物商店系統。
離島免稅購物商店依第十五條第一項進儲自用保稅倉庫之貨物因故退貨，應依保稅倉庫設立及管理辦法及相關關務法規辦理。
依前項規定辦理自課稅區廠商購買加工外銷品之退貨，應於進儲之翌日起三個月內提出申請，原供廠商已領有視同出口報單副本者，應予收回註銷或更正；其已辦理沖退稅費者，應繳回已沖退稅費，並通知所屬稅捐稽徵機關。進儲三個月後之退貨案件，其退貨手續按一般貨物進口通關程序辦理，並按該貨進儲時形態課稅。
離島免稅購物商店銷貨所需之贈品、試用品、包裝盒、包裝紙袋（材料）等非銷售貨物之通關、進儲、領用及贈送作業，依下列方式辦理，始得除帳：
一、應於進儲報單申報註明非銷售貨物，並設專帳控管專區存儲，且外包裝上應有明顯標示。
二、銷貨附隨之贈品，應併同銷售貨物列載於售貨單；其他非銷售貨物應於使用前填具「非銷售貨物申請領用單」，並經海關核備之有權領用人員簽署後，以電子方式傳輸海關離島免稅購物商店系統。
離島免稅購物商店依本辦法自行設計印製之有關憑證報表及依商業會計法應設置之各項會計簿籍，應以電腦處理，並採永續盤存制存貨制度，逐日逐筆詳細即時建檔登載進貨及銷貨有關資料，以備海關及主管稽徵機關稽查。
離島免稅購物商店業務經營情形、帳冊及庫存，監管海關及稽徵機關得隨時派員前往查核，必要時並予盤存。
離島免稅購物商店及其存儲於自用保稅倉庫之保稅貨物，應每年由海關派員會同辦理一次年度盤存。其盤存得事先申請海關核准委由會計師辦理並簽證，海關得派員會同辦理。
年度盤存之盤存日期，除特殊情形得事先報經監管海關核准提前或延長外，其日期距上年度盤存日期，最短不得少於十個月，最長不得超過十四個月；海關必要時並得隨時盤存，離島免稅購物商店應配合辦理。
離島免稅購物商店應於年度盤存日之翌日起一週內將盤存清冊（委由會計師盤存者連同簽證報告）報監管海關審核，並將盤存清冊傳輸至關港貿單一窗口電腦系統。但經監管海關核准者，得以電子媒體儲存代替紙本，送交監管海關審核。
第一項盤存，事後發現錯誤時，得由離島免稅購物商店在該項貨物未動用前向海關申請複查，經海關查明屬實者准予更正。但逾盤存日之翌日起算十四日申請者，不予受理。
離島免稅購物商店應於年度盤存日之翌日起算二個月內，根據上年度結算報告表，本年度盤存清冊、帳冊、進出口報單、移倉申請書及其他進出倉紀錄、報廢數等以電腦編製結算報告表，並檢送結算報告表紙本一份，電子媒體儲存檔案二份交監管海關審核。但經監管海關核准者，得以電子媒體儲存代替紙本，送交監管海關審核。
離島免稅購物商店年度盤存得申請海關核准實施不停工盤存或非上班時間盤存。申請非上班時間盤存者，海關應依海關徵收規費規則規定徵收盤存特別處理費。<br />
離島免稅購物商店依前條規定辦理盤存結果，如實際盤存數量與帳面結存數量不符時，依下列規定辦理：
一、實際盤存數量少於帳面結存數量者，應敘明理由，並於接獲海關核發之補稅通知日起十日內，繕具報單補繳進口稅費。
二、實際盤存數量多於帳面結存數量者，應敘明理由，報經監管海關查明原因核實准予更正或依相關規定處理。
離島免稅購物商店之帳冊及報表，應於年度盤存結案後，保存十年；其相關憑證保存五年。
前項相關憑證，離島免稅購物商店得於盤存結案後報經監管海關核准，以電子媒體按序儲存後，依規定年限保存，其原始單證得予銷毀。銷毀後，監管海關查案須列印單證及有關文件時，離島免稅購物商店應負責提供，不得拒絕。
離島免稅購物商店停業或廢止登記者，其保稅貨物依下列規定辦理：
一、所有保稅貨物，應由海關封存或與離島免稅購物商店聯鎖於該商店之倉庫內，海關應不定期派員巡查，必要時得予保管。
二、離島免稅購物商店應向監管海關洽訂或由監管海關逕予訂定盤存日期辦理結束盤存，如實際盤存數量與帳面結存數量不符時，準用第二十八條規定辦理。
三、經結束盤存之貨物，監管海關應即按結存數量發單課徵各項稅費。未能依前款規定辦理結束盤存者，海關得逕依帳面結存數量課徵各項稅費。
四、已銷售貨物未於結束盤存日前完成提領者，應一併列入盤存。
離島免稅購物商店保稅貨物於存儲期間，遭受損失或損壞者，應依關稅法第五十條及同法施行細則第三十九條規定辦理；其於災害事實終止之翌日起算一週內報經海關查明屬實者，得核實除帳。
離島免稅購物商店保稅貨物於存儲期間，因失竊而致短少，經向警察機關報案取得證明，報經監管海關查明屬實者，應自失竊之翌日起算三個月內，按貨物進儲自用保稅倉庫時之價格與稅率補稅除帳。但失竊貨物尚在追查中者，監管海關得依納稅義務人申請准其繳納保證金，其在失竊之翌日起算六個月內找回者，退還保證金。