向海關申請設置離島免稅購物商店者，應具備下列條件：
一、依公司法登記設立之股份有限公司，實收資本額在新臺幣五千萬元以上。
二、領有海關核發之自用保稅倉庫執照或提供已向海關申請設立自用保稅倉庫之文件。
三、經當地縣（市）主管機關同意設置。
四、專營銷售旅客商品。
五、具有以電子資料傳輸方式辦理貨物通關、帳務處理及貨物控管等有關業務之設備及能力，並與海關完成電腦連線作業，逐筆傳輸貨物移倉、銷售、領用、提貨及退貨等資料至海關離島免稅購物商店系統。
六、設置二十四小時連續錄影之監視系統。

離島免稅購物商店符合下列各款規定，得向海關申請核准實施自主管理：
一、制度完善，營運正常及管理良好，對保稅貨物之進貨及銷貨有關資料設有完整之電腦控管作業流程。
二、業者無積欠已確定之稅額及罰鍰。但已提供相當擔保者，不在此限。
三、具備完整點驗及門禁管制作業程序，以控管保稅貨物之進出。

申請登記離島免稅購物商店者，應檢具下列文件，向所在地海關辦理：
一、申請書：須載明公司名稱、公司統一編號、所在地、負責人姓名、地址、身分證號碼、電話號碼，離島免稅購物商店與提貨處之地址及位置圖。
二、公司章程及內部控制制度。
三、自用保稅倉庫執照及其影本各一份。
四、離島免稅購物商店建築物之使用權證件及其影本。
五、當地縣（市）主管機關同意設置證明文件。
六、設置於機場、港口管制區內之離島免稅購物商店，應檢附該管制區主管機關同意文件。
七、機場或港口管制區內設置提貨處，應檢附該管制區主管機關同意文件。
八、二位以上專責人員名單及合格證書。
九、機場或港口管制區內離島免稅購物商店及提貨處之旅客動線配置圖或說明文件。

離島免稅購物商店因特殊事由須設置臨時提貨處，應具備第七條第五款之條件，並檢具機場或港口主管機關同意文件，向所在地海關提出申請。但經監管海關事先核准者，得事後補具主管機關同意文件。<br />

離島免稅購物商店，由海關發給執照；執照有效期間不得超過當地縣（市）主管機關核發同意文件之有效期限。當地縣（市）主管機關廢止同意時，應通知海關，由海關廢止其登記。

離島免稅購物商店重新換照，應於執照有效期間屆滿二個月前，檢具前條規定之文件向海關申請；其登記事項均未變更者，應於前述期間內申請校正以代替換照。

離島免稅購物商店之名稱、所在地、負責人、營業項目變更，應於辦妥變更登記之翌日起三十日內，檢送有關證件影本，向監管海關辦理換照手續。惟所在地變更，應於變更前先報請監管海關核准。

經核准設置之離島免稅購物商店，其執照之核發、補發及換照，依海關徵收規費規則，徵收證照費。

前項執照之核發，如僅以校正代替換照者，免徵收證照費。

經核准設置之離島免稅購物商店，如需停業或廢止登記者，應於一個月前向監管海關申請。

離島免稅購物商店經核准設置後，不具第七條規定之條件者，海關應命其限期改正，屆期未改正者，廢止其登記。但海關依第九條第一項規定廢止登記者，無須命限期改正。

離島免稅購物商店經核准實施自主管理後，不具第七條之一規定之條件者，海關應命其限期改正，屆期未改正者，得廢止其自主管理。