會計師受託辦理查核時，應依各項查核時機擬訂查核程序，其得採取之主要查核程序列舉如下：
一、有第三條第一款第一目情事時，其得採取之主要查核程序為：
（一）就受查金融機構資產負債表（含表內及表外）及損益表各科目，以本年度金額與以前年度金額、預算數，及相關財務與非財務資訊間之關係，進行分析性複核，並就發生重大變動或差異者，查核其業務之變動情形，注意異常之項目。
（二）針對有惡化趨勢之業務狀況，查明其發生原因，如有涉及違法之虞時，應立即向本部提出報告。
（三）查明受查金融機構是否已對有惡化趨勢之業務狀況，提出具體可行之改善方法，或查明其方善方法是否有效。
（四）查明受查金融機構虧損逾資本三分之一時，是否已依銀行法第六十四條辦理。
（五）查明受查金融機構因業務狀況有惡化趨勢，已無法自行改善，致不能支付其債務或有損及存款人利益之虞時，應立即向本部提出報告。
二、有第三條第一款第二目情事時，其得採取之主要查核程序為：
（一）查明受查金融機構已否訂定相關內部控制程序，以監督控制各項業務之經營均能符合有關法令之規定，暨其執行是否有效。
（二）詳閱內部稽核報告，查明受查金融機構業務法令遵循之稽核及改進情形。
（三）就各項業務與相關金融法令及法規加以查核其遵循情形。
（四）受查金融機構各項業務相關金融法令及法規之遵行顯有不當，對其業務之穩健經營有重大影響者，應立即向本部提出報告。
三、有第三條第一款第三目情事時，其得採取之主要查核程序為：
（一）查明受查金融機構是否制定各項業務手冊。
（二）取得或編製各項業務問卷、流程圖或程序說明，以查明其業務處理程序之可能缺失。
（三）就各項業務查明其實際執行情形及相關缺失。
（四）針對各項業務實際執行之缺失，與受查金融機構討論，俾提出具體可行之改善方法與建議。
四、有第三條第一款第四目情事時，其得採取之主要查核程序為：
（一）查明特定資產負債或表外項目所涉及之各種風險。
（二）查明受查金融機構對各該風險是否已建立風險管理制度；其已建立者，查明是否允當及其實際執行之情形。
（三）針對風險管理發生之缺失事項，與受查金融機構討論，俾提出具體可行之改善方法與建議。
五、有第三條第二款第一目情事時，其得採取之主要查核程序為：
（一）就受查金融機構資產負債表（含表內及表外）及損益表各科目，以本年度金額與以前年度金額、預算數，及相關財務與非財務資訊間之關係，進行分析性複核，並就發生重大變動或差異者，查明其財務之變動情形，注意異常之項目。
（二）針對有惡化趨勢的財務狀況，查明其發生原因，如有涉及違法之虞時，應立即向本部提出報告。
（三）查明受查金融機構是否已對有惡化趨勢之財務狀況，提出具體可行之改善方法，或查明其改善方法是否有效。
（四）查明受查金融機構虧損逾資本三分之一時，是否已依銀行法第六十四條規定辦理。
（五）查明受查金融機構因財務狀況有惡化趨勢，已無法自行改善，致不能支付其債務或有損及存款人利益之虞時，應立即向本部提出報告。
六、有第三條第二款第二目情事時，其得採取之主要查核程序為：
（一）查明受查金融機構財務報表，是否依照一般公認會計原則編製及揭露。
（二）對於特定交易事項，我國尚未制訂一般公認會計原則者，查明外國一般公認會計原則之實務應用情形，或參照基本會計原則，評估受查金融機構有否應用不恰當之情事。
（三）針對特定交易事項或科目餘額，其財務會計原則之應用不恰當者，查明對財務狀況及經營成果之影響數；其影響數如經調整後，致受查金融機構財務狀況有惡化趨勢時，應立即向本部提出報告。
（四）查明財務會計原則之應用不恰當，有否發生重大之前期損益調整事項，而應更正並重編以前年度財務報表。
七、有第三條第二款第三目情事時，其得採取之主要查核程序為：
（一）查明特定資產負債或表外項目之評價是否依一般公認會計原則辦理。
（二）對於特定交易事項，我國尚未制定一般公認會計原則者，查明外國一般公認會計原則之實務應用情形，或參照基本會計原則，查明受查金融機構對特定項目之評價有否可能不適當之情事。
（三）依一般公認會計原則採用成本法評價之特定項目，如改按市價法評價，對受查金融機構財務狀況可能有惡化趨勢時，查明其影響數。
（四）依前目查得之影響數經調整後，如對受查金融機構財狀況可能發生惡化趨勢，應立即向本部提出報告。
（五）對於特定資產負債或表外項目之評價，必要時，應請公正客觀之專家出具報告。
八、有第三條第二款第四目情事時，其得採取之主要查核程序為：
（一）查明受查金融機構不良資產之內容。
（二）瞭解受查金融機構不良資產之評估制度。
（三）對於不良放款依擔保品之價值、借保戶之財務狀況等評估可能遭受之損失。
（四）對於不良放款以外之不良資產依其性質分別評估其可能遭受之損失。
（五）查明受查金融機構所提列之備抵呆帳或評價準備是否足以彌補其可能遭受之損失。
九、有第三條第二款第五目或第六目情事時，其得採取之主要查核程序為：
（一）查明重大資產之取得或處分、重大負債之舉借或償還是否依受查金融機構內部控制制度及程序辦理。
（二）查明交易事項之目的、價格及條件。
（三）查明交易價格或條件是否經適當評估並作成評估報告。
（四）查驗交易憑證，必要時，應向交易對方或第三者發函以確認交易。
（五）採用分析性複核方法，查明交易價格或條件可能不合理之處，並查明其原因；必要時，應請公正客觀之專家出具報告。
十、有第三條第二款第七目情事時，其得採取之主要查核程序為：
（一）採用分析性複核方法，查明申報之表報資料或財務比率可能不合理或不正確之處，並查明其原因。
（二）針對可能不合理或不正確之表報資料或財務比率予以驗算或重新計算，以求得正確之資訊。
（三）經驗算或重行計算後的資訊，如致受查金融機構的財務狀況有惡化趨勢，應立即向本部提出報告。
十一、有第三條第三款第一目情事時，其得採取之主要查核程序為：
十二、有第三條第三款第二目情事時，其得採取之主要查核程序為：
十三、有第三條第三款第三目情事時，其得採取之主要查核程序為：
十四、有第三條第三款第四目情事時，其得採取之主要查核程序為：
十五、有第三條第三款第五目情事時，其得採取之主要查核程序為：
十六、有第三條第三款第六目情事時，其得採取之主要查核程序得參照前各款或中華民國審計準則公報之規定，針對受查金融機構之特定狀況擬定之。